תפקידם ההיסטורי של הכהנים הוא לעמוד לפני ה' ולבקש רחמים על העם בעת צרה. אולם, כאשר הכהנים עצמם משחיתים את עבודת המקדש ומביאים קורבנות פגומים, מעמדם כמתווכים עומד למבחן. הנביא פונה אליהם בתוכחה נוקבת ומעמת אותם עם המציאות שבה הם אלו שגרמו לקלקול הרוחני.
המילה חַלּוּ משמעותה תפילה ותחנונים, והמילה וִיחָנֵנוּ מבטאת בקשה לחנינה, רחמים וברכה [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ].
הפרשנים חלוקים בשאלת נימת דבריו של הנביא בפסוק זה. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהדברים נאמרים בתמיהה, באירוניה ובתוכחה. הנביא שואל: כיצד יעלה על דעתכם שתוכלו לשמש כשלוחי הציבור ולהתפלל בעד העם? הרי קטגור אינו יכול להיעשות סנגור. מכיוון שאתם אלו שהבאתם את הקורבנות הפגומים וגרמתם לרעה, ה' לא יקבל את תפילתכם ולא יעניק לכם יחס מועדף [רש"י, מצודת דוד, מלבי"ם, צאינה וראינה]. בהקשר זה, המילים הֲיִשָּׂא מִכֶּם פָּנִים עומדות בניגוד אירוני לברכת כהנים שבה נאמר "ישא ה' פניו אליך" – כיוון שהכהנים חוטאים, תפילתם וברכתם לא יועילו לחפר על עוונות העם [אברבנאל].
לעומת גישה זו, יש המפרשים את הפסוק כקריאה כנה לתשובה. על פי פירוש זה, משפט הכהנים הוא אכן להתפלל בעד ישראל, והנביא קורא להם לשוב בתשובה שלמה ולבקש רחמים על הקללה שפגעה בעם. אם יתפללו בלב שלם, ה' עשוי לחון אותם ולהיטיב עמם [רד"ק, אבן עזרא]. הנביא משתמש בלשון רבים, וִיחָנֵנוּ, משום שהוא כולל את עצמו בצערם של ישראל ומזדהה עם כאבם, בדומה למשה רבנו שהתפלל בעד העם [רד"ק].
המילים מִיֶּדְכֶם הָיְתָה זֹּאת מוסבות על הקללה והצרה שבאו על העם, או על המנחה הפגומה עצמה שהובאה למזבח. כך או כך, האחריות למצב מוטלת ישירות על כתפי הכהנים [אבן עזרא, רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. משום כך, ה' לא יישא להם פנים ולא יתעלם מחטאיהם ללא תוכחה, שכן הוא אינו לוקח שוחד ואינו עושה משוא פנים לאיש [רד"ק, צאינה וראינה].
זווית רעיונית נוספת מציעה כי פניית הנביא אל הכהנים להתפלל נובעת ממעמדם הרוחני המיוחד. מכיוון שהכהנים קרובים לה' מעצם תפקידם, קורבנותיהם הפיזיים מתקבלים פחות מאשר קורבנותיהם של ישראל, המשתמשים בקורבן כדי להתקרב ממרחק. לכן, הנביא מדריך את הכהנים להשתמש בכלי של תפילה, שהוא רצוי ומקובל יותר עבורם מאשר הבאת קורבן [אהבת יהונתן].