עם הקמת המשכן וסידור השבטים לדגליהם, משכן ה' קובע את מקומו בלב העם. נוכחות השכינה דורשת רמת קדושה וטהרה עליונה, ולכן, מיד לאחר תיאור סדר המחנות, התורה מצווה על הרחקת הטמאים כדי שלא יטמאו את המרחב המקודש [רמב"ן, רשב"ם, שד"ל].
השימוש במילה צַו אינו מקרי. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמילה זו נועדה לזרז את העם לפעולה מיידית, וכן לקבוע חוק לדורות. הזירוז נדרש במיוחד כאן, מכיוון שמדובר במצווה קשה שיש בה צער ממשי וחסרון כיס, שכן היא דורשת לגרש אדם ממקומו ומאוהלו [הירש, מלבי"ם, צפנת פענח].
הפרשנים מסכימים כי חניית בני ישראל במדבר חולקה לשלושה מחנות מרכזיים, מן הפנים אל החוץ: מחנה שכינה (שטח המשכן), מחנה לוויה (סביב המשכן), ומחנה ישראל (מקום מושבם של שאר השבטים). רמת ההרחקה של כל אדם נקבעה בהתאם לחומרת טומאתו, מן הקל אל הכבד:
וְכֹל טָמֵא לָנָפֶשׁ: אדם שנטמא במגע עם מת. זוהי הטומאה הקלה מבין השלוש לעניין שילוח, ולכן הוא מורחק אך ורק ממחנה שכינה, ומותר לו לשהות במחנה לוויה ובמחנה ישראל. ההוכחה שמביאים הפרשנים לכך היא שמשה רבנו, שהיה לוי, נשא עמו את עצמות יוסף בתוך מחנה לוויה [רש"י, שפתי כהן, מזרחי]. לגבי המונח לָנָפֶשׁ, חלק מהפרשנים מדייקים מתוך התרגום לארמית כי הכוונה אינה רק למת שלם, אלא גם למי שנטמא ממגע בעצמות אדם, שהן מקור טומאה חמור [רש"י, משכיל לדוד, ברכת אשר].
וְכָל זָב: אדם החולה בזיבה (הפרשה חריגה מאבר המין) או בעל קרי. טומאתו חמורה יותר מטומאת מת משום שהיא יוצאת מגופו שלו. לכן, הוא מורחק משני מחנות – ממחנה שכינה וממחנה לוויה, אך מותר לו לשהות בתוך מחנה ישראל [רבנו בחיי, הירש, ביאור שטיינזלץ].
כָּל צָרוּעַ: אדם הנגוע בצרעת נושא את הטומאה החמורה והמדבקת ביותר, ולכן הוא משולח החוצה מכל שלושת המחנות, ויושב בדד מחוץ למחנה ישראל לחלוטין [רש"י, רלב"ג, כלי יקר].
מעבר להלכות ההרחקה הפיזיות, הפרשנים מוצאים בפירוט שלושת הטמאים רבדים מוסריים ורוחניים עמוקים. גישה אחת קושרת בין הטומאות לשלוש העבירות החמורות המחריבות את החברה ומסלקות את השכינה: צרעת באה על חטא של לשון הרע וגאווה (השקולים לעבודה זרה); זיבה מעידה על פריצות וגילוי עריות; וטומאת מת רומזת לשפיכות דמים [כלי יקר]. פרשנים אחרים מקבילים את שלושת המחנות לאיברי האדם הפנימיים: מחנה שכינה הוא המוח, שממנו יש להרחיק מחשבות כפירה (טומאת מת); מחנה לוויה הוא הלב, שממנו יש להרחיק תאוות (זב); ומחנה ישראל הוא הבטן, שממנה יש להרחיק מאכלות אסורים (מצורע) [פני דוד].
הבדלי ההרחקה מוסברים גם מבעד לפריזמה חברתית ומוסרית: המצורע הפריד בלשון הרע שלו בין אדם לחברו ובין איש לאשתו, ולכן עונשו הוא בידוד מוחלט מכולם. הזב חטא בתאווה ולכן מורחק חלקית. לעומת זאת, מי שנטמא למת עשה זאת לרוב מתוך קיום מצווה של חסד וקבורה, ולכן התורה מקלה בהרחקתו ואינה מגרשת אותו מתוך החברה [שפתי כהן]. גישה נוספת רואה בהרחקת טומאת המת ממחנה השכינה הכרזה רעיונית אל מול תרבויות האליל. בניגוד לעמים שסגדו למוות וראו בו ביטוי לכוח אלוהי, היהדות מקדשת את החיים, העשייה והבחירה החופשית. לכן, המוות מורחק מהמקדש, המייצג את אלוהים חיים [רש"ר הירש].
לבסוף, יש המציינים כי חלוקה זו של טומאה נוצרה רק בעקבות חטא העגל. לפני כן, בני ישראל היו בדרגת טהרה עליונה כגוף אחד, ללא צרעת או זיבה [צרור המור, שפתי כהן]. כמו כן, חוקי ההרחקה המחמירים מהמשכן היו תקפים רק כאשר הוא עמד על תלו ושימש כמקום השראת השכינה; בזמן נדודי בני ישראל במדבר, כאשר הפרוכת גוללה והמשכן פורק למסע, הותרו הטמאים להיכנס לשטח זה עד לחנייה הבאה [תורה תמימה, שפתי כהן].