השיא הדרמטי של טקס הסוטה מפגיש בין פעולת ההקרבה על המזבח לבין שתיית המים המאררים. בשלב זה, הכהן משלב בין החומר הפיזי של המנחה לבין הפנייה להשגחה העליונה, כדי להוציא לפועל את בירור האמת.
הפעולה הפולחנית מתחילה כאשר וְקָמַץ הכהן, כלומר לוקח קמח כמלוא שלוש אצבעותיו [ביאור שטיינזלץ]. קומץ זה נקרא אַזְכָּרָתָהּ, שכן הוא החלק המייצג את המנחה כולה [ביאור שטיינזלץ], ועל ידי הקטרתו על המזבח המנחה באה לזיכרון לפני ה' [רש"י, תורה תמימה]. למושג הזיכרון כאן ישנן כמה משמעויות משלימות בקרב הפרשנים. מצד אחד, זוהי פנייה לה' שיזכור את עוונה של האישה ויעניש אותה במידה והיא אשמה [רלב"ג], או לחלופין, שיזכור את מעשיה לטוב או לרע בהתאם לאמת [אבן עזרא]. במובן העמוק, הקטרת הקומץ היא זו שמפעילה בפועל את ההחלטה האלוהית [רש"ר הירש]. מעבר לכך, יש לזיכרון גם פן ציבורי, שנועד להוות תזכורת ולקח לכל העולם ללכת בדרכי הצניעות [תורה תמימה].
החלק השני של הפסוק, וְאַחַר יַשְׁקֶה, מעורר דיון נרחב, שכן על פי ההלכה האישה שותה את המים עוד לפני הקרבת המנחה. הפרשנים מציעים מספר דרכים ליישב פער זה. גישה אחת מסבירה שהפסוק בא ללמד הלכות מסוימות בדיעבד או במקרי קצה: אם הכהן הקריב את המנחה ורק לאחר מכן השקה אותה, הפעולה כשרה [רש"ר הירש, הכתב והקבלה]. כמו כן, המילה "ואחר" מלמדת שאם לאחר מחיקת מגילת הסוטה אל תוך המים עדיין נותר רישום ניכר של הכתב, הכהן אינו רשאי להשקותה, אלא עליו להמתין ולמחוק שוב עד שלא יישאר זכר לכתב [תורה תמימה, רש"ר הירש], תוך הקפדה יתרה על דיני כתיבת ומחיקת המגילה [צפנת פענח]. בנוסף, נלמד מכאן שאם האישה מסרבת לשתות לאחר שהמגילה כבר נמחקה, משקים אותה בעל כורחה [תורה תמימה, הכתב והקבלה].
גישה אחרת, לשונית ופסיכולוגית, מציעה שהמילה וְאַחַר כלל אינה מציינת סדר זמנים כרונולוגי, אלא משמשת כלשון של עיכוב והמתנה. לפי פירוש זה, התורה מורה לכהן שלא למהר ולהשקות את האישה בקלות ראש, אלא להתמהמה, להאריך בדברים ולאיים עליה בפחד גדול, בתקווה שתודה על האמת [הכתב והקבלה].
מנגד, יש המבארים את הפסוק על דרך הרעיון והסמל: למים עצמם אין כל כוח או השפעה עצמאית. אף על פי שהאישה שותה את המים לפני ההקרבה ובכך מקבלת על עצמה את שבועתה באופן סמלי, המים מקבלים את כוחם להביא ברכה או קללה רק בעקבות הקטרת המנחה. לכן התורה כותבת וְאַחַר יַשְׁקֶה, כדי לקשור בין שתי הפעולות ולהדגיש שמבחינה רעיונית, השפעת השתייה מתחילה ויוצאת לפועל רק לאחר שהמנחה עולה על המזבח [רש"ר הירש].