רגע השיא של טקס הסוטה מגיע כאשר האישה שותה את המים המרים. בשלב זה מתבררת האמת, והמים הופכים לכלי שרת בידי ההשגחה העליונה – להעניש בחומרה את החוטאת או לנקות את החפה מפשע.
המילה וְהִשְׁקָהּ נכתבה עם מפיק באות ה"א, כדי להדגיש שהכהן משקה אותה [מנחת שי]. רוב הפרשנים מציינים כי הציווי להשקות את האישה מופיע כאן בפעם השלישית בפרשה, והכפילות נועדה ללמד הלכה דרמטית: אם האישה מסרבת לשתות לאחר ששם ה' כבר נמחק אל תוך המים, משקים אותה בעל כורחה. כופים עליה לפתוח את פיה ושופכים את המים לגרונה, או שבאים אליה בטענות קשות על כך שלא הודתה באשמה לפני מחיקת השם [רש"י, תורה תמימה, שפתי חכמים, ברטנורא, משכיל לדוד]. לעומת זאת, כל עוד המגילה לא נמחקה, הרשות בידה לסרב לשתות, לצאת ללא דמי הכתובה שלה, וההליך נפסק [רלב"ג, רש"ר הירש, שפתי חכמים]. גישה אחרת מסבירה שהכפילות בפסוק לא באה ללמד על השקיה בכוח, אלא לתאר את ההשפעה הפיזית המיידית של השתייה, כגון שינוי צבע פניה [הכתב והקבלה].
הפסוק מפרט את חטאה של האישה: וְהָיְתָה אִם נִטְמְאָה וַתִּמְעֹל מַעַל בְּאִישָׁהּ. המילה נִטְמְאָה מתייחסת למעשים המכוערים שהובילו לטומאה, בעוד המילים וַתִּמְעֹל מַעַל מתייחסות לעצם קיום יחסי האישות האסורים [העמק דבר], שנעשו בהסתר ובסוד [אבן עזרא].
כאשר האישה חוטאת, המים חודרים לגופה ופועלים את פעולתם: וּבָאוּ בָהּ הַמַּיִם הַמְאָרֲרִים לְמָרִים. השימוש הכפול במילים "מאררים" ו"מרים" אינו מקרי. המילה הַמְאָרֲרִים מתארת את הכוח הרוחני והעל־טבעי של הקללה שהוכנס במים, ואילו המילה לְמָרִים מתארת את התוצאה הפיזית והחומרית – המים הופכים למזיקים ומרים בתוך גופה [אם למקרא]. מבחינה רעיונית, המים מייצגים את האמת האלוהית; אם האישה טמאה, האמת הזו עומדת בסתירה למצבה והופכת עבורה לקללה מרה, אך אם היא טהורה, המים לא יזיקו לה כלל [רש"ר הירש].
העונש הגופני מתואר באופן ציורי וקשה: וְצָבְתָה בִטְנָהּ וְנָפְלָה יְרֵכָהּ. הפרשנים שואלים מדוע כאן מוזכרת הבטן לפני הירך, בעוד שבקללה שהקריא הכהן קודם לכן הירך הוזכרה ראשונה. התשובה היא שהמים בודקים את גוף האישה לפי סדר כניסתם – קודם הם מגיעים לבטן ואז לירך, ואילו הקללה המוקדמת התייחסה לסדר הפגיעה בגופו של הגבר הבועל [רש"י, שפתי חכמים, מזרחי]. הפגיעה מתחילה באיברים אלו משום שבהם החל החטא, אך משם המים מתפשטים לכל שאר איברי גופה [מלבי"ם]. עונש זה פועל במידה כנגד מידה, שכן רחמה ניזוק והיא לא תוכל עוד לקיים יחסי אישות [חזקוני], וייתכן שאף תמות כתוצאה מכך [ביאור שטיינזלץ].
בנוסף לעונש הפיזי, הפסוק מתאר עונש חברתי כבד: וְהָיְתָה הָאִשָּׁה לְאָלָה בְּקֶרֶב עַמָּהּ. משמעות הדבר היא ששמה יהפוך למטבע לשון של קללה, ואנשים יאמרו זה לזה: "יארע לך כפי שאירע לפלונית" [רש"י, תורה תמימה, בכור שור, גור אריה]. התורה מדגישה שהדבר יקרה בְּקֶרֶב עַמָּהּ, משום שסבלו וניוולו של אדם קשים ומשפילים הרבה יותר כאשר הם מתרחשים במקום שבו הוא מוכר לכולם [רש"י, שפתי חכמים]. עם זאת, מנגנון פלאי זה פעל רק כאשר העם כולו נהג במוסריות. ברגע שרבו הפריצות והניאוף בעם, בטלו המים המרים ולא השפיעו יותר; שכן אישה פרוצה אינה יכולה לשמש כאות וקללה כאשר היא מוקפת באנשים שחוטאים כמותה [תורה תמימה].