סמכותה של ההנהגה הרוחנית ובית הדין הגדול היא יסוד מרכזי בקיום ההלכה לאורך הדורות. הכתוב מבסס את החובה המוחלטת לציית לפסיקת החכמים, ומעניק תוקף אלוהי לפרשנותם ולתקנותיהם, כדי למנוע מצב שבו ריבוי דעות יוביל לפיצול האומה.
הפרשנים מצביעים על כך שהפסוק מחולק לשלושה רבדים של סמכות, המשקפים את מכלול התורה שבעל פה [העמק דבר, אלשיך, רש"ר הירש, אדרת אליהו]:
עַל־פִּי הַתּוֹרָה אֲשֶׁר יוֹרוּךָ - מתייחס ללימוד המופק מתוך פשט הכתובים, או לתקנות, גזירות ומנהגים שחכמים מתקנים כדי לחזק את הדת ולתקן את העולם. המילה הַתּוֹרָה משמעותה כאן מוסר והוראה [בכור שור], והיא כוללת גם אמונה מוחלטת בסנהדרין ללא צורך שיוכיחו את דבריהם באות ומופת [תורה תמימה].
וְעַל־הַמִּשְׁפָּט אֲשֶׁר־יֹאמְרוּ לְךָ - אלו הדינים הנלמדים באמצעות המידות שהתורה נדרשת בהן, וכן הכרעות משפטיות התלויות בשיקול דעתו של הדיין לפי הזמן, המקום והצורך לשנות לעיתים את האמת למען השלום [כלי יקר].
מִן־הַדָּבָר אֲשֶׁר־יַגִּידוּ לְךָ - זוהי המסורת העוברת איש מפי איש, כלומר "הלכה למשה מסיני", שאין לה בהכרח טעם גלוי או הוכחה ישירה מהכתובים.
הציווי לֹא תָסוּר מהווה את מצוות לא תעשה שעליה נשענות כל תקנות חכמים [תורה תמימה]. על בסיס זה אנו מברכים "אשר קדשנו במצוותיו וציוונו" גם על מצוות שתיקנו חכמים (כמו הדלקת נר חנוכה), שכן ה' הוא שציווה בתורתו לשמוע בקולם [גור אריה, רש"ר הירש]. איסור זה חזק מאוד, אך בניגוד לאיסורי דאורייתא, במקרים מסוימים הוא נדחה מפני "כבוד הבריות" [תורה תמימה]. כמו כן, אזהרה זו מופנית גם כלפי החכמים עצמם, שלא יורו בניגוד לפסיקת בית הדין הגדול [רלב"ג].
הביטוי יָמִין וּשְׂמֹאל זכה לדיון פרשני נרחב. כפשוטו, הכוונה היא שאין לסטות מדרך ההוראה של חכמים לא לכאן ולא לכאן [בכור שור], או שאין לנטות לצד החומרה או הקולא מעבר למה שפסקו [אם למקרא]. אולם, רוב הפרשנים מתעכבים על התחביר הייחודי של הפסוק: היה ראוי שייכתב "לא תסור ימין ושמאל מן הדבר", ומכך שהמילים מופיעות בסוף המשפט, למדו חז"ל שהכוונה היא לתוכן הפסיקה עצמה. כלומר, לא תסור ממה שהם יגידו לך שהוא ימין או שמאל, גם אם לדעתך המציאות הפוכה [כלי יקר, אלשיך, שפתי כהן, משכיל לדוד].
מכאן נולדה הדרשה המפורסמת בתלמוד: "אפילו מראים בעיניך על ימין שהוא שמאל ועל שמאל שהוא ימין - שמע להם" [רש"י]. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים [רמב"ן, הטור הארוך, מזרחי, ביאור יש"ר] היא שאפילו אם האדם משוכנע לחלוטין בליבו שבית הדין טועה, והדבר פשוט לו כהבחנה בין ימינו לשמאלו, עליו לבטל את דעתו ולציית להם. הסיבה לכך היא מעשית ורוחנית כאחד: התורה ניתנה בכתב, ומטבע האדם שיהיו מחלוקות. אם כל אדם יפעל לפי סברתו, תעשה התורה למספר תורות. לכן, ה' נתן את התורה מראש על דעת הסכמתם ופרשנותם של בית הדין הגדול. יתרה מכך, רוח ה' שורה על משרתי המקדש ומונעת מהם לטעות, ולכן על האדם להניח שהטעות היא בהבנתו שלו ולא בפסיקתם [שפתי חכמים, מלבי"ם].
גישה עמוקה אף יותר גורסת כי הפסיקה ההלכתית משנה את המציאות עצמה. ברגע שבית הדין פסק, פסיקתו הופכת לאמת המוחלטת ולרצון ה', כך שגם אם נראה ששגו עובדתית, הרי שבעצם הציות להם מקיים האדם את ציווי ה' [גור אריה, חומש קה"ת]. החכמים אוספים את כל צדדי הספק, וכאשר הם מכריעים, הם מצרפים את כל הסברות הנוטות לאותו כיוון, ולכן תמיד יש בסיס הלכתי לדבריהם [כלי יקר].
מנגד, קיימת מסורת בתלמוד הירושלמי הקובעת לכאורה את ההפך: "אם יאמרו לך על ימין שהוא שמאל... אין לשמוע להם". הפרשנים מציגים מספר דרכים ליישב סתירה זו:
יש המבארים כי החובה לציית לחכמים אפילו כשהם "טועים" חלה רק על גזירות ותקנות דרבנן (כגון אי תקיעת שופר בשבת), אך לא כאשר חכם בא להתיר איסור תורה מפורש וברור כגון אכילת חלב או עריות [ריב"א].
אחרים מדייקים בלשון המדרש שאמר "אפילו נראים בעיניך": כאשר מדובר במחלוקת מורכבת וסבוכה, ולפי שיקול דעתך האישי נראה שהם טועים - עליך לבטל דעתך ולציית. אך אם ידוע בוודאות מוחלטת ומוכחת שבית הדין שגה לחלוטין בדין, אסור לשמוע להם [הכתב והקבלה, תורה תמימה, ברכת אשר].
גישה נוספת מחלקת בין אופי הפעולה הנדרשת: אם האדם יכול להתחמק מלעבור על האיסור בדרך של "שב ואל תעשה" (למשל, פשוט לא לאכול את הדבר שהתירו בטעות), עליו לעשות זאת כדי לא לחטוא, ואין בכך המראה. אך אם מדובר במצב שבו הוא חייב לפעול אקטיבית ואינו יכול להישמט, עליו להישמע לבית הדין בכל מקרה כדי שלא ייראה כמי שמורד בסמכותם [דברי דוד].