בפגישה חשאית, מציע יוחנן בן קרח לגדליהו לבצע סיכול ממוקד ובלתי רשמי בישמעאל בן נתניה, מתוך חרדה עמוקה לגורל היישוב היהודי שנותר בארץ. יוחנן, שאולי היה ידידו של גדליהו ונהנה מגיבוי של גדוד חיילים מול ישמעאל שהיה חסר תמיכה [ביאור שטיינזלץ], מבקש: אֵלְכָה נָּא וְאַכֶּה את ישמעאל. הוא מציע לפעול מיד ולהכות את ישמעאל בטרם יספיק לפגוע בגדליהו [מצודת דוד].
הצעתו של יוחנן מבוססת על פעולה חשאית, כך שוְאִישׁ לֹא יֵדָע מי הכה את ישמעאל ועל מה הוכה [מצודת דוד]. יוחנן מניח שגדליהו חושש להרוג את ישמעאל רק על סמך ספק, פן יואשם על ידי העם בהוצאה להורג ללא משפט. לכן, הוא מציע לקחת את המשימה על עצמו ולבצע אותה בסתר, ללא הוראה רשמית מגדליהו [מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ].
המניע לפעולה אינו רק ההגנה על חיי המנהיג, כפי שעולה מהשאלה לָמָּה יַכֶּכָּה נֶּפֶשׁ, אלא דאגה קיומית לאומה. יוחנן מזהיר כי הירצחו של גדליהו יוביל לכך שוְנָפֹצוּ – כלומר, ייווצר מצב של פיזור ופירוד [מצודת ציון] של כל היהודים שהתקבצו סביבו. גדליהו מהווה את תקוותם היחידה של היהודים בארץ; בלעדיו לא יהיה מי שילכד את העם, הארץ לא תשוב להיבנות, והשארית שנותרה תאבד ותתפזר לחלוטין [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ].