ברגע של מתיחות משפחתית והנהגתית, ההתערבות האלוהית נעשית באופן ישיר ופומבי. ה' מתגלה כדי להכריע במחלוקת שנוצרה, להגן על שמו של משה ולהבהיר את מעמדו הייחודי.
ההתגלות מתרחשת כאשר ה' יורד בְּעַמּוּד עָנָן. פרשנים רבים מדייקים בביטוי זה ומסבירים כי ה' יצא להתגלות זו יחידי, ללא פמליית מלאכי השרת. התנהלות זו מנוגדת למנהג מלך בשר ודם, היוצא למלחמה מלווה בצבא רב; ה', לעומת זאת, יוצא ל"מלחמה" – כלומר לעימות ולתוכחה מול אהרן ומרים – כשהוא לבדו, שכן אינו חושש ממרד [רש"י, מזרחי, משכיל לדוד, ברכת אשר]. העיתוי והמיקום של ירידת הענן נועדו לפרסם את הדבר לעיני כל ישראל, ולהראות את הקפדת ה' על כבודו של משה [אור החיים]. סיבה נוספת לכך שהענן עמד בפתח האוהל ולא בתוכו היא שמרים הייתה עתידה ללקות בצרעת, ולכן לא יכלה לשהות בפנים [שד"ל].
לאחר מכן ה' פונה לשני האחים: וַיִּקְרָא אַהֲרֹן וּמִרְיָם. קריאה זו נועדה למשוך אותם לצאת מן החצר או מתוך האוהל לקראת הדיבור האלוהי [רש"י, שטיינזלץ]. הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שבתחילה נכנסו משה, אהרן ומרים יחד לאוהל מועד, כפי שזומנו קודם לכן, בדומה לבעלי דין המוזמנים יחד לפני המלך לבירור טענותיהם [אם למקרא, בכור שור]. אולם, אהרן ומרים לא זכו להישאר בפנים, ולכן נצטוו לצאת, בעוד משה נותר באוהל [העמק דבר]. הקריאה הנפרדת נועדה גם להסביר להם בדרך נבואית את ההבדל המהותי בין נבואתם, המגיעה פעמים רבות בחלום ובחידות תוך ניתוק מהחושים, לבין נבואתו הבהירה, הכוללת והישירה של משה [רלב"ג].
התוצאה של קריאה זו היא שוַיֵּצְאוּ שְׁנֵיהֶם, וכך הם הופרדו ממשה. הפרשנים מעלים מספר סיבות להפרדה זו. הנימוק הבולט ביותר הוא הכלל לפיו אומרים רק מקצת שבחו של אדם בפניו, ואת כולו – שלא בפניו. מכיוון שה' עמד לתאר את גדולתו המוחלטת של משה, היה צורך להוציא את אהרן ומרים כדי לומר זאת שלא בנוכחותו [רש"י, שד"ל, הטור הארוך, צאינה וראינה, מלבי"ם]. מנגד, יש המסבירים כי ההפרדה נועדה דווקא להגן על משה, כדי שלא יצטרך לשמוע בנזיפתם ובביזיונם של אחיו הגדולים [רש"י, צאינה וראינה, ברטנורא].
בנוסף, הוצאתם החוצה ללא משה נועדה להעביר מסר ציבורי ואישי: כלפי עם ישראל, הדבר הבהיר שמשה אינו שותף לכעס האלוהי המופנה כלפי אחיו [חזקוני]; וכלפי אהרן ומרים, הדבר הוכיח שמשה עצמו אינו כועס עליהם ואינו צד בעימות, אלא ה' הוא שתובע את עלבונו [צאינה וראינה]. למרות ההפרדה הסופית, משה זומן מלכתחילה למעמד זה כדי שיוכל לראות את קנאת ה' לכבודו, וכדי שיהיה נוכח ומוכן להתפלל מיד על מרים כשתענש [שפתי חכמים].