תגובת ה׳ לדיבורם של אהרן ומרים במשה מורכבת משלושה שלבים מדורגים: תוכחה, חרון אף והסתלקות. רגע לפני הענישה בפועל, מתגלה סדר הדין האלוהי המדויק, המעניק שיעור בתוכחה וביחסים שבין חטא, כעס ומידת הדין.
הפרשנים עומדים על כך שחרון האף מופיע רק כעת, לאחר שה׳ כבר נגלה אליהם והסביר להם את חומרת מעשיהם. מכאן נלמד קל וחומר מוסרי ליחסי אנוש: אין לכעוס על אדם בטרם מודיעים לו בבירור במה חטא [רש"י, צאינה וראינה, שפתי כהן]. מנגד, יש המסבירים שכעסו של ה׳ התעורר דווקא משום שאהרן ומרים לא נכנעו ולא מיהרו להודות באשמתם מיד עם תחילת התוכחה, בשונה למשל מדוד המלך שמיהר להודות על חטאו [ספורנו].
סביב המילה וַיֵּלַֽךְ עולות מספר גישות פרשניות. הגישה המרכזית היא שהכבוד האלוהי וענן השכינה הסתלקו מעליהם מתוך זעם [שד"ל, אבן עזרא, ביאור יש"ר]. פירוש נוסף גורס כי ה׳ עורר את הכוח המשחית של מידת הדין, ואז "הלך" והסתלק כדי לאפשר לכעס לעשות את פעולתו ולהענישם [אור החיים]. גישה הפוכה לחלוטין מציעה כי מה שהלך והסתלק הוא חרון האף עצמו. לפי קו מחשבה זה, ה׳ כבש והרגיע את כעסו לפני שהעניש את מרים, שכן אילו היה מעניש אותה מתוך חרון אף מלא, היא לא הייתה שורדת את עוצמת הפגיעה [העמק דבר, אלשיך]. בנוסף, יש המפרשים שהמילה מתייחסת לנגע הצרעת עצמו, שהלך והסתלק מאהרן באופן מיידי [שפתי כהן].
המילה בָּם (בהם, בלשון רבים) מעוררת מחלוקת בשאלה האם גם אהרן נענש יחד עם מרים, שכן בסופו של דבר רק היא נותרה מצורעת. דעה אחת קובעת כי אכן שניהם לקו בצרעת באופן שווה [תורה תמימה], אלא שאהרן נרפא מצרעתו מיד באותו הרגע באופן פלאי, ולכן איש לא הבחין בכך [אור החיים, צרור המור]. לעומת זאת, יש הסבורים שאהרן לא לקה בצרעת כלל אלא ספג נזיפה אלוהית בלבד, משום שחלקו בחטא היה קטן יותר והוא רק נגרר אחר אחותו [חזקוני, אלשיך].