תגובתו של ה' לתפילתו של משה מציגה איזון מדויק בין מידת הרחמים למידת הדין. על אף שהסליחה מוענקת, ישנו הכרח לשאת בתוצאות המעשה ובבושה הנלווית לפגיעה בכבוד השכינה ובנביא.
רוב הפרשנים מסכימים כי המילים וְאָבִיהָ יָרֹק יָרַק בְּפָנֶיהָ אינן מתארות יריקה ממשית, אלא מהוות משל ציורי המבטא נזיפה חמורה, כעס והראיית פנים זועפות. הכתוב מדבר בלשון תנאי, כלומר: "אילו אביה היה נוזף בה כך" [רש"י, מזרחי, גור אריה, שפתי חכמים, ביאור יש"ר, שטיינזלץ, ברכת אשר]. הרקיקה מסמלת את הבושה וההכלמה העמוקה שראויה הייתה מרים לחוש [רבנו בחיי, ספורנו]. גישה ייחודית מציעה כי האזכור של האב מכוון לעמרם, אביה של מרים, שכן מרים סברה בטעות שהוא מת ללא חטא, ובדיבורה פגעה בכבודו [חתם סופר], בעוד שאחרים מדגישים כי המילה "אביה" רומזת למדרגתם הרוחנית הגבוהה של הצדיקים [אור החיים].
מתוך משל זה, נבנה אחד מהכללים המרכזיים בפרשנות התורה – לימוד של "קל וחומר". הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שאם נזיפה של אב בשר ודם מחייבת את הבת להסתגר בבושת פנים שבעת ימים, קל וחומר שפגיעה בכבוד השכינה הייתה אמורה לחייב עונש כפול של ארבעה עשר יום.
הפרשנים מעלים שתי סיבות עיקריות מדוע העונש הראוי כלפי שמים הוא דווקא ארבעה עשר יום:
ראשית, על פי המסורת, ביצירת האדם שותפים האב, האם וה', כאשר חלקו של ה' ביצירה כפול מזה של האב. לכן, הפגיעה בכבודו מחייבת עונש כפול [רא"ש, דעת זקנים, ברטנורא, מזרחי, תוספות].
שנית, ארבעה עשר יום הם משך הזמן המקסימלי של שתי תקופות הסגר של מצורע, שלאחריהן הוא מוכרז כמצורע מוחלט לעולם, ולכן זהו עונש המסמל הרחקה קבועה [שפתי חכמים, דעת זקנים, הדר זקנים].
אולם, מיד לאחר מכן מופעל הכלל "דיו לבא מן הדין להיות כנדון" – מספיק שהעונש הנלמד מן ההיקש יהיה שווה לעונש המקורי שעליו הוא מבוסס. לכן, ה' מסתפק בעונש של שבעת ימים בלבד [רש"י, רבנו בחיי, תורה תמימה, ריב"א, צאינה וראינה].
לגבי מהות ההסגר במילים תִּסָּגֵר שִׁבְעַת יָמִים, מתגלה נקודה פרשנית מפתיעה: מרים למעשה התרפאה מהצרעת מיד עם תפילתו של משה. ההסגר בן שבעת הימים לא היה הסגר רפואי רגיל של מצורע, אלא עונש של "נזיפה" ונידוי חברתי שנועד לכפר על מעשיה. מכיוון שאהרן הכהן לא יכול היה להסגיר את אחותו בשל קרבת המשפחה, ה' בכבודו ובעצמו שימש ככהן המסגיר והמטהר [אור החיים, העמק דבר, ברכת אשר, רבנו בחיי]. פסוק זה אף משמש כמקור ההלכתי לכך שתקופת נזיפה ונידוי על פגיעה בכבודו של נביא או תלמיד חכם נמשכת שבעת ימים [רבנו בחיי, תורה תמימה, דעת זקנים].
לבסוף, המילים וְאַחַר תֵּאָסֵף מתארות את סיום תקופת הנידוי. פועל ה"אסיפה" משמש במקרא באופן עקבי לתיאור הכנסתו של המצורע חזרה אל תוך מחנה ישראל ואל החברה המיושבת לאחר שנרפא [רש"י, אבן עזרא, שטיינזלץ]. מבחינה לשונית, המילה וְאַחַר כוללת את האות ו' בתחילתה, תוספת הנקראת במסורת "עיטור סופרים" – אותיות שנמסרו כהלכה למשה מסיני כדי לייפות ולפאר את קריאת הטקסט, ומשמעותה הפשוטה היא "ואחר כך" תיאסף [מנחת שי, תורה תמימה].