הסתלקות השכינה מותירה אחריה מציאות קשה ומוחשית, המבטאת את חרון אפו של ה'. מיד לאחר סיום ההתגלות האלוהית הפתאומית, מתגלה עונשה המיידי של מרים על דיבורה נגד משה.
המילים וְהֶעָנָן סָר מֵעַל הָאֹהֶל מתארות את התזמון המדויק של העונש. הפרשנים מצביעים על כך שהענן הסתלק לפני שמרים נצטרעה, ומציעים לכך מספר טעמים. גישה אחת מסבירה זאת מתוך רחמי ה', בדומה למלך המצווה להעניש את בנו אך עוזב את המקום כדי לא לראות בצערו [רש"י, גור אריה], או כדי שלא לראות בקלקלתה ובמפלתה של מרים [קיצור בעל הטורים]. גישה שניה תולה זאת בכך שאין דרכה של קדושה לעמוד במקום של טומאה כצרעת [בכור שור, חזקוני].
ישנה מחלוקת לגבי מהותו של ענן זה. יש הסבורים כי זהו הענן המיוחד שירד להתגלות פתח האוהל [העמק דבר]. לעומתם, אחרים מפרשים שזהו ענן המסעות הכללי של ישראל. הסתלקותו נועדה לאותת על תחילת מסע, כדי להרחיק את המצורעת אל מחוץ למחנה ולביישה [ספורנו]. עצם העובדה שהענן סימן לנסוע אך העם נאלץ לעצור ולהמתין לה, פרסמה ברבים שהעיכוב הוא לכבודה, ובכך קיבלה את שכרה על שהמתינה למשה ביאור, מה שהמתיק את עונשה לשבעת ימים בלבד [רבנו בחיי, מלבי"ם, חתם סופר].
על המילים וְהִנֵּה מִרְיָם מְצֹרַעַת כַּשָּׁלֶג (כאשר כוונת המילה היא "היא מצורעת" [אבן עזרא]), מבואר כי מיד עם סילוק הענן כסתה הצרעת הלבנה את כל גופה, כביטוי פיזי מובהק לכעסו של ה' [רש"ר הירש, ביאור שטיינזלץ, צפנת פענח]. עם זאת, מרים עצמה כלל לא הרגישה בכך באותו רגע, מרוב תדהמה ואלם [ביאור יש"ר, העמק דבר].
הגילוי מתרחש במילים וַיִּפֶן אַהֲרֹן אֶל מִרְיָם וְהִנֵּה מְצֹרָעַת. אהרן פנה אל מרים כדי להתייעץ עמה כיצד לפייס את משה, אך גילה שהיא טמאה ואינה יכולה לגשת אל הנביא, ולכן הבין שעליו להעתיר בעדה לבדו [ביאור יש"ר, העמק דבר].
הפרשנים עומדים על הכפילות בפסוק, המציין שוב את היותה מצורעת. הגישה המרכזית בקרב רבים מהמפרשים, הנשענת על מדרשי חז"ל, היא שגם אהרן נצטרע באותו מעמד משום ששמע את לשון הרע. לפיכך, המילה וַיִּפֶן מלמדת שאהרן פנה מצרעתו שלו, שנתרפאה מיד, והביט במרים [תורה תמימה, הדר זקנים]. הכפילות מדגישה שאצל מרים, בניגוד לאהרן, הצרעת נותרה בעינה משום שהיא זו שהתחילה בדיבור והחטיאה אותו [אור החיים, שפתי כהן, ברכת אשר]. יש אף שמוסיפים כי כל אימת שאהרן הביט בה, הצרעת הוסיפה לפרוח [שפתי כהן], וכי משה נמנע מלהביט בה, ולכן אהרן היה זה שגילה את מצבה [אור החיים]. לבסוף, יש המפרשים את המילה מצורעת השנייה במשמעות של הסגר, שכן באותו רגע היא נראתה כמצורעת אך טרם הוחל עליה דין מצורע מוחלט [נתינה לגר].