תפילתו של משה על אחותו מרים, שלקתה בצרעת, מקפלת בתוכה את ענוותנותו העמוקה ואת המורכבות שבתפקידו כמנהיג. כאשר הכה אותה הנגע, משה לא נטר לה טינה על שדיברה בו סרה, אלא נזעק מיד לבקש עליה רחמים.
השימוש בפועל וַיִּצְעַק מעיד על צערו העמוק של משה. מאחר שתפילתו הייתה קצרה מאוד, הוא בחר לזעוק בקול גדול כדי להוכיח לעם שכואב לו על אחותו ושהוא אינו שמח לאידה או נוקם בה [אלשיך, אור החיים, רבנו בחיי].
למילה לֵאמֹר מציעים הפרשנים מספר רבדים של משמעות. ראשית, משה הקפיד להתפלל באמירה מפורשת ובקול רם, כדי שהציבור ישמע שהוא מוחל על כבודו ומתפלל עליה, וכדי ללמד את הדורות הבאים כיצד להתפלל על החולים בחיתוך שפתיים, שכן לדיבור המפורש יש כוח רוחני [אור החיים, רבנו בחיי, שפתי כהן]. שנית, המילה משמשת כאן כדרישה לתשובה; משה פנה אל ה' וביקש: "השיבני אם אתה מרפא אותה אם לאו" [רש"י, שפתי חכמים, מזרחי]. בנוסף, יש שלמדו מכאן דרך ארץ, שראוי לאדם להקדים דברי ריצוי ושבח לפני שהוא מציג את בקשתו [רש"י, העמק דבר, משכיל לדוד].
בפנייתו אל ה' במילה אֵל, משה מכוון לשתי מידות אלוהיות: מצד אחד, זוהי פנייה לבעל הכוח והיכולת המוחלטת לרפא את הנגע [אבן עזרא, הטור הארוך, ביאור יש"ר], ומצד שני, זהו שם המבטא את מידת החסד והרחמים [אור החיים, רבנו בחיי]. יתרה מזאת, מכיוון שאהרן לא יכול היה לטמא או לטהר את אחותו מתוקף היותו קרוב משפחה, משה פנה אל ה' שישמש כביכול כ"כהן" שירפא אותה ישירות ולא על ידי מלאך [אלשיך, שפתי כהן].
הכפילות של המילה נָא בפסוק אינה מקרית. הפרשנים מסכימים כי הופעתה הראשונה היא לשון בקשה ותחינה ("בבקשה"), ואילו הופעתה השנייה היא לשון זמן ("עכשיו"). משה התחנן שהרפואה תתרחש מיד, כדי שמרים לא תצטרך להתבזות ולהיות מורחקת אל מחוץ למחנה [ספורנו, דעת זקנים, חזקוני, בכור שור]. עם זאת, ה' משיב לו שאמנם היא תירפא ותינצל מהסגר ארוך יותר, אך שורת הדין מחייבת שתסגר לפחות שבעת ימים [מלבי"ם].
לגבי סיום הפסוק, רְפָא נָא לָהּ, עולה השאלה מדוע משה קיצר כל כך בתפילתו ומדוע לא הזכיר את שמה של מרים. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמשה קיצר במכוון כדי שלא יאמרו בני ישראל: "אחותו עומדת בצרה והוא עומד ומרבה בתפילה", או שיאשימו אותו שהוא משתמש בכוחו ומתפלל באריכות רק עבור בני משפחתו. אי הזכרת שמה של מרים נועדה אף היא לקצר את התפילה, ומכאן גם נלמדת הלכה שכל המבקש רחמים על חברו כשהוא נמצא בפניו – אינו צריך להזכיר את שמו [תורה תמימה, משכיל לדוד].