דימוי רומנטי של צמח בושם נדיר וריחני הגדל בנווה מדבר, משמש בסיס למערכת ענפה של סמלים המבטאים אהבה, סליחה מתמדת וקשר רוחני עמוק בין כנסת ישראל לה'.
ברמה המילולית, אֶשְׁכֹּל הוא ענף שעליו תלויים פירות או גרגרים, והַכֹּפֶר הוא מין צמח בושם ריחני (יש המזהים אותו כקמפור או ציפורן) הגדל בצורת אשכולות [רש"י, מצודת ציון, אבן עזרא, שטיינזלץ]. בְּכַרְמֵי עֵין גֶּדִי מתייחס לפרדסים או מטעים באזור הררי ומדברי בארץ ישראל, מקום גידולם של בשמים מובחרים ונדירים כמו הכופר והאפרסמון [מצודת ציון, אבן עזרא, ספורנו, רלב"ג]. הרעיה מתארת את דודה כאשכול בושם ייחודי שריחו הטוב נודף למרחוק וניכר מבין רבבות אשכולות רגילים שבכרם [מצודת דוד, מלבי"ם].
ברובד הרעיוני, רוב הפרשנים מסכימים כי הדוד מסמל את ה', המובדל וניכר במציאות כולה בזכות רוחניותו והנהגתו, ממש כשם שאשכול הכופר מובדל משאר צמחי הכרם [מלבי"ם]. המילה אֶשְׁכֹּל נדרשת כביטוי למי שהכל שלו, או לאל המכיל ומקיף את כל המציאות כולה [מלבי"ם, תורה תמימה]. ההכרזה דּוֹדִי לִי מדגישה את התלות המוחלטת של ישראל בה', שכן ממנו נאצלו ובזכותו הם קיימים [עזרא בן שלמה].
קו פרשני מרכזי ורחב מתמקד במשחק המילים שבין הַכֹּפֶר לבין כפרה ומחילה. ה' מרבה למחול לעוונותיהם של ישראל, כשם שאשכול ענבים מלא בגרגרים וכשם שכרמי עין גדי שופעים באשכולות רבים [צרור המור]. בניגוד לבשמים אחרים שנובלים, אשכולות הכופר בעין גדי נותרים מחוברים לאילן לאורך כל השנה ומניבים פירות מספר פעמים בשנה. תכונה זו מסמלת את הסליחה התמידית והבלעדית של ה' לישראל, שמחל להם פעם אחר פעם על הנסיונות שניסוהו במדבר [רש"י, ראשון לציון]. סליחה זו מכפרת גם על החטאים הקשים ביותר, דוגמת חטא העגל, הנרמז במילה גֶּדִי [תורה תמימה].
גישה נוספת קושרת את הפסוק לזכות אבות ולדמויות מופת בהיסטוריה היהודית. אֶשְׁכֹּל מסמל את יצחק, שניכפת על המזבח בעקדה כאשכול הקשור לעצים, ומעשהו מעורר כפרה לישראל. עֵין גֶּדִי רומז ליעקב אבינו, שלבש עורות גדיי עזים כדי לזכות בברכות שנימשלו לעין עולם, וכן לברית בין הבתרים שנכרתה עם אברהם וכללה "עז משולשת" [תורה תמימה]. כמו כן, הפסוק רומז לצדיקים ולתלמידי חכמים (אנשים "שהכל בהם") שבכוחם להמתיק את מידת הדין ולכפר על דורם, או לקטורת הסמים של בית אבטינוס שהייתה מיתמרת כצורת אשכול ומביאה כפרה [תורה תמימה].
מזווית פילוסופית, יש המבארים את הפסוק כמשל להתפתחות השכל האנושי. כשם שפירות הגדלים באזור הררי כמו עֵין גֶּדִי דורשים זמן הבשלה ארוך יותר אך לבסוף מניבים פרי איכותי ומשובח בהרבה מפירות העמק, כך גם השכל האנושי דורש תהליך ארוך וקשה כדי לצאת מן הכוח אל הפועל, אך כשהוא משלים את התפתחותו, הוא נעלה ונבחר מכל שאר כוחות הנפש [רלב"ג].