שיר האהבה נפתח בזעקה פנימית של כמיהה עמוקה וגעגועים עזים. המעבר הפתאומי בפסוק מדיבור בגוף נסתר ("ישקני") לפנייה ישירה בגוף נוכח ("דודיך"), מבטא מצב דמוי חלום, שבו ההשתוקקות הולכת וגוברת עד שהיא פורצת את גבולות הבושה והמרחק, ומאפשרת לאהובה לפנות ישירות לאהובה [ביאור שטיינזלץ, אלשיך, ראשון לציון].
ברמה המילולית, המילה יִשָּׁקֵנִי מתארת בקשה לנשיקה ישירה, פה אל פה, ללא כל חציצה [אבן עזרא, שפתי חכמים]. התוספת של האות מ"ם בביטוי מִנְּשִׁיק֣וֹת פִּיהוּ רומזת לחלק מן הנשיקות ולא לכולן [תורה תמימה, אבן עזרא], והמילה דֹּדֶיךָ מבטאת אהבה, חיבה וקרבה עמוקה [מצודת ציון].
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא לראות בפסוק משל לכנסת ישראל, הנמצאת בגלות ובאלמנות, ומתרפקת על אהבת הנעורים ועל הקרבה שהייתה לה עם ה' בעת יציאת מצרים ומעמד הר סיני. היא מבקשת שה' יחזור לנהוג עמה כמנהג חתן וכלה, פנים אל פנים [רש"י, מצודת דוד]. בקשה זו מתייחסת באופן ספציפי לקבלת התורה: במעמד הר סיני זכו ישראל לשמוע את שתי הדיברות הראשונות ישירות מפי הגבורה. נשיקות רוחניות אלו נחקקו בלבם ולא נשכחו. שאר הדיברות, לעומת זאת, נמסרו דרך משה ופרחו מזיכרונם. לכן, מתחננת האומה שה' ישוב וילמד אותה תורה ישירות מפיו, כפי שמובטח שיהיה לעתיד לבוא בימות המשיח, כדי שהדברים ייחרטו לנצח ולא יישכחו לעולם [תורה תמימה, צאינה וראינה, אלשיך, חומת אנך].
רובד נוסף בפרשנות רואה בפסוק ביטוי לאהבת התורה, תוך חלוקה בין התורה שבכתב לתורה שבעל פה. המילה מִיָּיִן מסמלת את התורה שבכתב, הגלויה לכל העמים, ואילו דֹּדֶיךָ מסמלים את התורה שבעל פה ודברי הסופרים, שהם סודות התורה וצפונותיה. ישראל מצהירים שדברי הסופרים חביבים וטובים עליהם יותר מגוף התורה שבכתב, שכן הם אלו שמבארים אותה, מחברים את האומה לה' בייחוד בלעדי, וזאת למרות שהם גורמים להבדלתם מן האומות ומעוררים עליהם שנאה [תורה תמימה, בית הלוי]. כאשר אדם עמל בתורה, ה' כביכול יושב מולו, מלמד אותו חכמה מפיו, ונושק לו [תורה תמימה, בית הלוי].
מנקודת מבט הגותית ורוחנית, הפסוק מתאר את תשוקתה העזה של הנפש האנושית להתדבק בבוראה ולהשיג שלמות שכלית ורוחנית [רלב"ג, מלבי"ם, עזרא בן שלמה]. הנשיקה מסמלת את דרגת הנבואה הגבוהה ביותר ואת התדבקות הרוח ברוח, מצב שבו הנשמה מתנתקת מן החומר ומתאחדת עם האור העליון. זוהי אותה "מיתת נשיקה" שבה הסתלקו משה, אהרן ומרים, ושבה מסתלקות נשמותיהם של כל הצדיקים [תורה תמימה, אלשיך, מלבי"ם].
בהקשר זה, ההכרזה כִּי־טוֹבִים דֹּדֶיךָ מִיָּיִן מדגישה שאהבת ה' וההתלהבות הרוחנית עולות לאין שיעור על כל תענוג גופני או שמחה חומרית, המסומלים ביין. בעוד שהיין מוגבל, מתפוגג ויכול להביא לשכרות ואובדן דעת, ההשגה האלוהית והתענוג הרוחני הם נצחיים, חסרי גבולות, ונובעים ממקור עליון וקדוש [רש"י, צרור המור, ספורנו, מלבי"ם].
לבסוף, יש המוצאים בפסוק רמז לזכויות ההיסטוריות שבהן נגאלו ישראל ממצרים: הבקשה יִשָּׁקֵנִי מִנְּשִׁיק֣וֹת פִּיהוּ מסמלת את העובדה ששמרו את פיהם מדיבור רע ומלשון הרע, והקביעה כִּי־טוֹבִים דֹּדֶיךָ מִיָּיִן רומזת לכך ששמרו על עצמם בטהרה מן העריות, בדומה ליין השמור היטב בחותם מוקפד לבל יתערב בו זר [ראשון לציון].