מעבר של מקום פיזי פשוט למרכז רוחני בעל חשיבות היסטורית מהווה נקודת מפנה מהותית. שינוי שמו של המקום משקף לא רק החלפת תווית גיאוגרפית, אלא תמורה עמוקה בייעודו של האתר, שהופך מנקודה שולית למוקד של קדושה ותפילה עבור האנושות כולה.
הפרשנים חלוקים בשאלת היחס הגיאוגרפי וההיסטורי שבין המקום שבו ישן יעקב לבין העיר הסמוכה. גישה אחת מציעה כי יעקב סבר שהוא ישן במקום שומם לחלוטין, אך בדיעבד התברר לו כי כבר היה שם יישוב קיים בשם לוז [ביאור שטיינזלץ]. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שיעקב לן מחוץ לעיר, בשטח הפתוח, ולימים הוסב שמה של העיר כולה לבית אל, על שם אותו מקום מחוץ לעיר שבו התרחשה ההתגלות [רשב"ם, חזקוני, ביאור יש"ר]. דעה נוספת גורסת כי המקום שבו הציב יעקב את המצבה היה פנוי וסמוך ללוז, ורק מאוחר יותר נבנתה על אותה נקודה ממש עיר חדשה שקיבלה את השם בית אל [העמק דבר]. לעומת זאת, יש הסבורים כי יעקב שינה באותו רגע רק את שמו של המקום הספציפי שעליו שכב, בעוד שהעיר עצמה נותרה בשמה המקורי, והיא נקראה בית אל רק בשלב מאוחר יותר, כאשר יעקב שב מפדן ארם [מלבי"ם]. מבחינה היסטורית, ייתכן שלא מדובר בשתי ערים נפרדות, אלא בעיר אחת שזכתה לשני שמות מקבילים: בני ישראל קראו לה בית אל, בעוד הכנענים המשיכו לקרוא לה לוז כמקודם [שד"ל].
זיהויו המדויק של המקום שנוי אף הוא במחלוקת. בעוד שיש המזהים את בית אל כעיר הסמוכה לעי, אחרים מזהים אותה עם ירושלים והר המוריה [הכתב והקבלה]. כדי ליישב את הפער הגיאוגרפי בין בית אל להר המוריה, יש המצביעים על נס של קפיצת הארץ, שבו הר המוריה נע ממקומו והגיע עד לבית אל, כדי שיעקב יוכל להתפלל במקום שבו התרחשה עקדת יצחק, ובכך תתקבל תפלתו [ריב"א].
השם בֵּית אֵל ניתן למקום בעקבות הכרתו של יעקב כי אין זה כי אם בית אלוהים [ביאור יש"ר]. הענקת שם זה מבטאת תפיסה רוחנית חדשה: בעוד שאברהם ויצחק התייחסו למקום הקדוש כהר או שדה, שהם מקומות מבודדים ומרוחקים ממושב אדם, יעקב חזה ברוח הקודש כי המקום עתיד להיות בית, משכן נגיש שבו יוכלו כל בני האדם לשפוך את שיחם לפני ה' [פרדס יוסף].
לגבי משמעות השם המקורי לוּז, הפרשנים מציעים מספר כיוונים. במישור הפשטני, העיר נקראה על שם עצי אגוז שגדלו בה, כגון שקד שפריו מבשיל בתוך עשרים ואחד ימים [ריב"א]. עובדה זו מדגישה כי לפני התגלות ה', יושבי המקום לא זיהו בו כל ייחוד רוחני, ועל כן קראו לו על שם צמחייה מקומית בלבד [רש"ר הירש]. במישור הרעיוני, השורש של המילה לוז מורה על הבדלה וריחוק, מה שמשקף את תפיסתם הראשונית של בני האדם שמדובר במקום מבודד [פרדס יוסף].
במישור המדרשי והסודי, השם לוז טומן בחובו משמעויות עמוקות של חיים ונצח. על פי המסורת, לוז היא עיר שאין למלאך המוות שליטה בה. יעקב בחר לישון שם מתוך תחושת ביטחון, אך כשהקיץ והבין שהמקום הוא למעשה בית אל ולא לוז, נפלה עליו יראת המוות [פרדס יוסף]. בנוסף, השם מרמז ללוז השדרה שבאדם, העצם שממנה עתידה להתרחש תחיית המתים. אזכור השם המקורי בא ללמדנו שכשם שנקודה זו היא ראשית הבריאה וממנה החל העולם להתחדש, כך מאותו מקום ממש עתיד להתחיל פלא תחיית המתים [רבנו בחיי].