לאחר שהעניק ליעקב את הברכות הראשונות מתוך טעות בזיהויו, יצחק מברך אותו כעת בידיעה ברורה ומלאה. ברכה שניה זו מהווה מעין אישור רשמי וקיום של הברכות הקודמות, והיא נועדה להבהיר כי בחירת יעקב לא נבעה ממרמה, אלא מהכרה מוחלטת בכך שהוא הזרע הנבחר שממנו תצא האומה [ביאור יש"ר, חזקוני].
יצחק פותח בפניה אל וְאֵל שַׁדַּי. רוב הפרשנים מסבירים כי משמעות שם זה היא האל שיש די בברכותיו ובאלוהותו כדי להשפיע שפע על כל הבריות והמתברכים מפיו, וזהו כינוי המבטא את עצמתו וריבוי פעולותיו [רש"י, שפתי חכמים, מזרחי, חזקוני, ביאור שטיינזלץ]. גישה נוספת גורסת כי זהו האל שאמר לעולמו "די" כדי לצמצם ולהתאים את מידת התגלות כבודו בעולם [העמק דבר]. הזכרת שם זה דווקא כעת אינה מקרית; היא מהווה נבואה שעתיד ה' להתגלות ליעקב בשם זה בהמשך דרכו [העמק דבר], וכן משום שזהו שם שטוב להזכירו כסגולה לשמירה בעת צרה וסכנה, כפי שחווה יעקב בצאתו לדרך כשהוא בורח מפני עשו [יריעות שלמה].
היות שיעקב יוצא כעת לדרך ארוכה, והדרך מטבעה פוגעת וממעטת שלושה דברים באדם – את ממונו, את יכולת הפריה והרביה שלו ואת שמו ומעמדו – יצחק מעניק לו ברכה משולשת כנגד חסרונות אלו [אלשיך]. תחילה הוא אומר יְבָרֵךְ אֹתְךָ, ברכה המכוונת להצלחה כלכלית, לשמירה על חיי האדם, ולמתן האמצעים הדרושים להקמת בית [ספורנו, רש"ר הירש, אלשיך]. לאחר מכן הוא מוסיף וְיַפְרְךָ, ברכה לריבוי בנים ופריה ורביה [ספורנו, אלשיך, רש"ר הירש]. פירוש ייחודי קושר מילה זו להלכות סנהדרין, ומסביר כי הברכה לפריון שלם מבטיחה שלא יהיו בזרעו סריסים, הפסולים מלשבת בדין, ובכך יזכו צאצאיו להעמיד סנהדרין כהלכתה [פרדס יוסף]. לבסוף, הברכה וְיַרְבֶּךָ מכוונת לעלייה במעלה, ברוחניות, ובכוח להנחיל את רוחו לדורות הבאים [ספורנו, רש"ר הירש].
תכלית הברכות כולן מתנקזת להבטחה וְהָיִיתָ לִקְהַל עַמִּים, כלומר הפיכה לאומה גדולה [ביאור שטיינזלץ]. הפרשנים עומדים על השילוב המיוחד בפסוק בין המילה "קהל", המסמלת אחדות, לבין המילה "עמים", המסמלת ריבוי ופיצול. יעקב עתיד להעמיד צאצאים מגוונים בעלי אופי שונה, שיתחלקו לשבטים נפרדים בעלי מנהגים והליכות משלהם. אולם, בניגוד לצאצאי אברהם ויצחק שהתפצלו לאומות עוינות נפרדות כישמעאל ועשו, כלל צאצאיו של יעקב יהיו מאוחדים כענפים היוצאים משורש אחד. לא יהיה בהם כל פסול, והם יהוו יחד קהילה שלמה ואחידה [העמק דבר, נתינה לגר, רש"ר הירש, אלשיך, צפנת פענח]. ברכת הזרע העצומה הזו שלובה בברכת ירושת הארץ שנידונה בהמשך, שכן הזרע והארץ תלויים זה בזה ומהווים יחד תנאי הכרחי כדי שתשרה עליהם שכינת ה' [מלבי"ם].