תקופת שלטונו של יהויקים עומדת בסימן תמורות גיאופוליטיות עמוקות, כאשר האימפריה הבבלית העולה מתחילה לבסס את שליטתה באזור. בְּיָמָיו של יהויקים, עָלָה נְבֻכַדְנֶאצַּר מֶלֶךְ בָּבֶל על ארץ יהודה או סביבתה. בעקבות מסע צבאי זה, וַיְהִי לוֹ יְהוֹיָקִים עֶבֶד, כלומר יהויקים נכנע ונמצא תחת שלטונו של מלך בבל במשך שָׁלֹשׁ שָׁנִים, אך לאחר מכן שינה את עמדתו ומדיניותו, וַיָּשָׁב וַיִּמְרָד בּוֹ [ביאור שטיינזלץ].
הפרשנים עומדים על כך שאירועים אלו מעוררים קושי כרונולוגי בהשוואה לתיאורים בספרים ירמיהו ודניאל, ומתוך ניסיון ליישב את המקורות, הם מציעים גישות שונות להבנת השתלשלות המאורעות ומשמעות המילה וַיָּשָׁב. הגישה הפשוטה גורסת כי המילה מציינת תפנית בזמן, כלומר לאחר שעברו שלוש שנות השעבוד, חזר בו יהויקים ומרד [מצודת דוד]. אולם, פרשנים אחרים מבינים את המילה כמתארת חזרה פיזית ממקום למקום. לפי גישה זו, נבוכדנצר הגיע לירושלים בסוף השנה השלישית או בתחילת השנה הרביעית למלכות יהויקים, לכד אותו, אסר אותו בנחושתיים והגלה אותו לבבל. לאחר מכן, יהויקים הושב לירושלים, שירת את מלך בבל באמונה שלוש שנים, ואז מרד בו [רד"ק, אברבנאל].
דעה נוספת בקרב הפרשנים גורסת כי שלוש שנות העבדות התרחשו דווקא בעת שיהויקים שהה בגלות בבבל, ומיד כאשר שב לירושלים בתנאי שימשיך להעלות מס, הוא פתח במרד [אברבנאל]. מנגד, יש הסבורים שיהויקים מעולם לא הוגלה בפועל לבבל; נבוכדנצר אמנם אסר אותו במטרה להגלותו, אך לאחר שיהויקים קיבל על עצמו להשתעבד ולשלם מס, הוא הונח לנפשו, נשאר בירושלים, עבד את בבל שלוש שנים ואז מרד [אברבנאל בשם הרלב"ג].
מרד זה הוביל בסופו של דבר לסופו הטראגי של יהויקים. בעקבות המרד, שנמשך מספר שנים, שב נבוכדנצר לירושלים וכבש אותה בשנית. הפרשנים מתארים כיצד נתקיימה ביהויקים נבואתו הקשה של ירמיהו, ולפיה הוא ייקבר "קבורת חמור" וגופתו תיסחב ותושלך בביזיון מחוץ לשערי ירושלים [מלבי"ם, רד"ק]. אף על פי שבמקום אחר במקרא נאמר על יהויקים "וישכב עם אבותיו", ביטוי שלרוב מעיד על מות טבעי, מוסבר כי הבבליים לא הוציאו אותו להורג באופן ישיר. תחת זאת, הם גררו אותו בביזיון רב, והוא מצא את מותו כתוצאה מהצער, הכאב וההשפלה שחווה במהלך הגרירה. מאחר שלא הומת בחרב אלא מת כתוצאה מהייסורים, מיתתו מתוארת כעין שכיבה [חומת אנך].