עלייתו של צדקיהו לכס המלוכה בגיל עשרים ואחת מעוררת חידה כרונולוגית ומשפחתית סבוכה בתולדות מלכי יהודה. גילו של המלך הצעיר אינו מתיישב בקלות עם סדר שנות חייהם של קודמיו, דבר שהוביל את המפרשים להציע פתרונות יצירתיים למבנה שושלת המלוכה בשלהי ימי בית ראשון.
הקושי המרכזי העולה מתוך הציון בֶּן־עֶשְׂרִים וְאַחַת שָׁנָה הוא חישוב השנים ביחס לאחיו. יהואחז מלך בגיל עשרים ושלוש, ויהויקים מלך בגיל עשרים וחמש למשך אחת עשרה שנה. לפי חשבון זה, צדקיהו היה אמור להיות בן שלושים וחמש לפחות בעת עלייתו לשלטון, ולא בן עשרים ואחת [רד"ק, אברבנאל]. קושי נוסף עולה מספר ירמיהו, שם נראה כי צדקיהו מוזכר כמלך עוד בתחילת תקופת שלטונו של יהויקים [אברבנאל].
כדי ליישב פערים אלו, הוצעו מספר כיוונים. גישה אחת, המבוססת על ראב"ע, גורסת כי יאשיהו אביו המליך את צדקיהו עוד בחייו למשך שלוש שנים, ולאחר מכן העם המליך את יהואחז בכוח. עם זאת, גישה זו סופגת ביקורת חריפה בטענה שהיא חסרת כל ביסוס במקרא והגיונה ההיסטורי קלוש [אברבנאל]. מסורת חז"ל מזהה את צדקיהו עם "שלום" המוזכר בדברי הימים. השם "שלום" מעיד על כך שהיה מושלם במעשיו, או שבימיו הושלמה והסתיימה מלכות בית דוד, בעוד השם "צדקיהו" ניתן לו משום שה' הצדיק עליו את הדין. לפי מסורת זו, הוא היה השלישי בסדר הלידה אך הרביעי בסדר המלוכה. מנגד, פרשנים מתקשים לקבל זיהוי זה, שכן בדברי הימים שלום וצדקיהו נמנים כשני בנים נפרדים בזה אחר זה [רד"ק, אברבנאל].
פתרון פשוט יותר מציע כי צדקיהו אכן היה צעיר בניו של יאשיהו. במות אביו הוא היה בן עשר בלבד, ולכן הגיל עשרים ואחת בעת המלכתו מדויק ואינו דורש תיקונים כרונולוגיים מורכבים [רד"ק].
גישה מהפכנית ושונה לחלוטין מציעה כי צדקיהו המוזכר כאן אינו בנו של יאשיהו כלל, אלא נכדו – בנו של יהויקים ואחיו הגדול של יהויכין. במקרא, נכדים נקראים פעמים רבות "בנים". לפי קו מחשבה זה, צדקיהו היה מבוגר מיהויכין בשנתיים או שלוש, אך יהויכין הצעיר תפס את השלטון ראשון משום שהיה חזק יותר. כאשר מלך בבל הדיח את יהויכין, הוא העביר את המלוכה לאחיו הגדול והראוי לה, צדקיהו. המילה "דודו" המופיעה במקומות אחרים במקרא בהקשר לצדקיהו אינה מתארת קשר משפחתי של דוד ואחיין, אלא נגזרת מהמילה "אהוב" (כמו בביטוי "דודי לי"), כלומר, הוא היה אהובו ומועדפו של מלך בבל [אברבנאל].
התבוננות היסטורית חושפת הקבלה מופלאה בגורלם של צאצאי יאשיהו: בן אחד ונכד אחד (יהואחז ויהויכין) מלכו כל אחד שלושה חודשים בלבד, הודחו על ידי מלכים זרים ומתו בגלות. לעומתם, בן אחר ונכד אחר (יהויקים וצדקיהו) מלכו כל אחד וְאַחַת עֶשְׂרֵה שָׁנָה, שניהם מרדו במלך בבל, ושניהם הוגלו אליה [אברבנאל].
לבסוף, באשר לשם אמו של המלך, הכתוב מציין את המילה חמיטל, אך המסורת קובעת כי יש לקרוא אותה כחֲמוּטַל [מנחת שי].