ספר יונה הוא חריג בנוף המקראי, שכן הוא מתמקד כולו בנבואה על אומה נוכרית ואינו עוסק במישרין בעם ישראל. הפסוק הפותח, וַיְהִי דְּבַר ה' אֶל יוֹנָה בֶן אֲמִתַּי, חושף בפנינו דמות בעלת רקע עשיר. הפרשנים מסכימים כי יונה כבר היה נביא מוכר שפעל בימי ירבעם בן יואש מלך ישראל [רד"ק, אבן עזרא, מלבי"ם]. מוצאו משלב שני שבטים: אמו משבט אשר, ועל פי המסורת היא אותה אלמנה מהעיר צרפת שאליהו הנביא החיה את בנה, ואילו אביו משבט זבולון, מהעיר גת החפר [מלבי"ם, אברבנאל]. הכינוי בֶן אֲמִתַּי ניתן לו משום שדברי הנבואה התאמתו על ידו [אברבנאל].
השאלה המרכזית שעולה מתוך הופעת הנבואה הזו היא מדוע נכתב ספר שלם המופנה לנינוה הנוכרית בתוך כתבי הקודש. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהספר נועד לשמש תוכחת מוסר נוקבת לעם ישראל. בעוד שאנשי נינוה חזרו בתשובה שלמה מיד לאחר אזהרה של נביא אחד, עם ישראל מסרב לשמוע למרות אזהרות חוזרות ונשנות של נביאים רבים [רד"ק, צאינה וראינה, חומת אנך]. בנוסף, הספר נועד לפרסם את הנסים העצומים שעשה ה' עם הנביא, ללמד שה' חומל ומוחל לכל בעל תשובה באשר הוא, וכן להוות רמז קבלי עמוק על מסע הנשמה והגוף בעולם הזה [חומת אנך].
אולם, מתחת למסר המוסרי מסתתר רובד היסטורי וגיאופוליטי עמוק. שליחותו של יונה אל נינוה, בירת מלכות אשור, לא נבעה מאהבה יתרה של ה' לאומה זו. באותה תקופה, עם ישראל היה שקוע בחטאים, וה' ייעד את מלכות אשור לשמש ככלי העונש שדרכו יגלו ישראל. כדי שאשור לא תושמד בגלל חטאיה שלה, ותוכל למלא את תפקידה ההיסטורי נגד ישראל, היה צורך להחזירה למוטב [אברבנאל, מלבי"ם].
הבנה זו שופכת אור על סירובו העיקש של יונה לצאת לשליחות. יונה, שצפה את העתיד, הבין שאם אנשי נינוה יחזרו בתשובה, הדבר יזרז את הפורענות על עמו. לכן, הוא בחר לתבוע את "כבוד הבן" (עם ישראל) גם במחיר פגיעה ב"כבוד האב" (ה'), וקיווה שנינוה תושמד כדי להציל את ישראל [רד"ק, אברבנאל].
מתוך כך מתעוררת תמיהה פילוסופית: כיצד נביא חכם כיונה העלה על דעתו שניתן לברוח מה'? על כך משיב אבן עזרא כי יונה לא ניסה לברוח מפני נוכחותו של ה', שהרי מלוא כל הארץ כבודו, אלא ביקש לברוח "מלפני ה'" במובן של התרחקות ממעמד קבלת הנבואה. מכיוון שרוח הנבואה אינה שורה מחוץ לארץ ישראל, יונה סבר שאם יברח לחוץ לארץ, ה' לא יתגלה אליו שוב, וכך ייפטר מהשליחות שסיכנה את עמו [אבן עזרא, רד"ק].