בריחתו של יונה מופרעת באחת על ידי התערבות אלוהית ישירה המשנה את סדרי הטבע. ה' מגיב להליכתו של יונה נגד רצונו ומעורר סערה שאינה נובעת מתנאי מזג האוויר הרגילים של אותה עונה, אלא מהשגחה מכוונת וממוקדת.
הפועל הֵטִיל מבטא הסעה, המשכה או השלכה בדרך משל של הרוח. קיימות גישות שונות לגבי אופן היווצרות הסערה. גישה אחת מסבירה את התופעה כמאבק איתני הטבע: ה' הכניס רוח אל תוך הים, והרוח הקלה ניסתה לעלות ולצאת החוצה, בעוד המים הכבדים התנגדו לה. התנגשות זו היא שיצרה את הרעשת הגלים העזה והובילה לכך שוַיְהִי סַעַר־גָּדוֹל בַּיָּם [אברבנאל, מצודת ציון].
מבחינת כיוון הרוח, יש המפרשים שהרוח הושלכה מן היבשה אל הים, ותפסה את האונייה במקום המסוכן שבו הנהר מתחבר לים. כיוון שהרוח נשבה מהיבשה, היא דחפה את האונייה אל הים הפתוח ומנעה ממנה לחזור לחוף [אבן עזרא, אברבנאל]. מנגד, יש המבארים שהרוח פרצה מתוך תהומות הים עצמם והקיפה באופן ספציפי רק את האונייה של יונה, בעוד אוניות אחרות עברו בשלום, מה שגרם למלחים להבין שמדובר בעונש אלוהי מכוון [מלבי"ם].
הביטוי וְהָאֳנִיָּה חִשְּׁבָה לְהִשָּׁבֵר מציג תיאור ציורי וייחודי. על פניו, הכתוב משתמש בהאנשה של אוניית העץ, שכביכול נדמית כמי שעומדת להישבר [רש"י, אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ]. עם זאת, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בהרחבת הלשון, והכוונה היא לאנשי האונייה. המלחים הם אלו שחשבו שהאונייה תישבר בשל עוצמת הרוח, טלטול הגלים וכובד המשא שמנע את התקדמותה [רד"ק, מצודת דוד, מצודת ציון].
סביב אופן השבירה מתעוררת מחלוקת מעניינת. יש הטוענים כי אוניות אינן נשברות בלב ים אלא רק טובעות, והן נשברות רק כאשר הן מתרסקות על סלעי החוף. לפיכך, המילה חִשְּׁבָה מתארת את מחשבתם ותכנונם של המלחים: מתוך פחד מטביעה, הם ניסו להטות את האונייה בכוונה אל עבר היבשה כדי שתתרסק שם, בתקווה שיוכלו להינצל בקרבת החוף [אברבנאל]. לעומת זאת, יש החולקים על כך וקובעים כי רוח עזה בהחלט מסוגלת לשבור אונייה בלב ים, על ידי ריסוק התורן והמפרשים שהם לב ליבה של הספינה [מלבי"ם].