הסערה בלב ים מגיעה לנקודת אל-חזור, והמלחים מוצאים את עצמם חסרי אונים מול איתני הטבע. מתוך ההבנה כי הגורם לסערה נמצא בידיהם, הם פונים אל יונה בשאלה גורלית.
הפנייה ליונה נובעת מתחושת דחיפות עמוקה, שכן כִּי הַיָּם הוֹלֵךְ וְסֹעֵר. הסערה אינה מראה סימני רגיעה, אלא הולכת ומתחזקת, וגלי הים ממשיכים להתרומם ולהרעיש [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. המלחים מבינים שאבדה התקווה שהים יירגע מעצמו, וכי אין להם זמן להתעכב או להסס [רד"ק, מצודת דוד]. בקשתם היא למצוא פתרון מיידי שיגרום לים להירגע, כפי שמשתמע מהמילה וְיִשְׁתֹּק – כלומר, מתי ישקוט הים משאון גליו [אבן עזרא, רד"ק].
השאלה מַה נַּעֲשֶׂה לָּךְ מעוררת תמיהה: הרי המלחים כבר הפילו גורלות, גילו שיונה הוא האשם, ואף שמעו ממנו הודאה מפורשת שהוא בורח מלפני ה'. מדוע, אם כן, אינם משליכים אותו מיד לים?
הפרשנים מציעים שני כיוונים מרכזיים להבנת התלבטות המלחים:
הגישה הראשונה רואה בשאלה קריאה לתשובה ולמציאת פתרון מעשי. המלחים מבקשים מיונה עצה [אבן עזרא], ושואלים אותו כיצד ניתן לתקן את המצב ולרצות את ה'. הם מציעים לו לחזור בו מבריחתו, ושואלים האם הפתרון הוא לשנות את מסלול הספינה ולהוביל אותו לנינוה, להחזיר אותו לארץ ישראל, או שמא עליו להישבע שיקיים את שליחותו [מלבי"ם, אברבנאל].
הגישה השנייה מצביעה על דילמה מוסרית כבדת משקל. למרות שהמלחים יודעים שיונה אשם במצב בשל מרידתו בה', הם חוששים לשפוך דם ולהרוג אותו בידיים. השלכתו לים שקולה לרצח ישיר, ולכן הם נמנעים מפעולה חד-צדדית ומבקשים שיונה יחרוץ את גורלו בעצמו. הם מקווים שהוא יציע פתרון שיפטור אותם מאשמת רצח, ואכן, יונה בוחר להתנדב ולהורות להם להשליכו למים ביוזמתו, מתוך העדפה למות בנבכי הים ולא לחזור בתשובה ולהציל את העיר נינוה [חומת אנך, אברבנאל].