צו אלוהי חריג וחסר תקדים פותח את מסעו של יונה. ה' שולח נביא עברי אל לב ליבה של אימפריה זרה, משימה שמעוררת שאלות כבדות משקל על השגחה, שכר ועונש, ונאמנות כפולה של הנביא לאלוהיו ולעמו.
היעד הוא נִֽינְוֵה הָעִיר הַגְּדוֹלָה, עיר הבירה של מלכות אשור [אבן עזרא, שטיינזלץ]. אף שמדובר באומה זרה, מסתבר כי בעבר הרחוק היו אנשי העיר יראי ה', ורק כעת החלו להרע את דרכם, ולכן ה' ראה לנכון לשלוח אליהם נביא [אבן עזרא]. הציווי וּקְרָא עָלֶיהָ דורש מיונה להשמיע את קריאת ה' [רש"י], להוכיח את תושבי העיר ולהזהירם לשוב ממעשיהם הרעים טרם תבוא עליהם פורענות [מצודת דוד, שטיינזלץ, מלבי"ם]. אף שיונה אינו דובר את שפתם, המסר נועד לחצות את פערי השפה ולהיות מובן לאנשים החפצות לשמוע דברי נביאים [שטיינזלץ].
העילה לשליחות היא כִּֽי־עָלְתָ֥ה רָעָתָ֖ם לְפָנָֽי. הרעות שעשו הצטברו, עלו למרום והפכו לכוח שמעורר קטרוג ודורש ענישה [מצודת דוד, חומת אנך]. בדרך כלל, ההשגחה האלוהית הישירה ושליחת נביאים ממוקדות בעם ישראל בלבד. אולם, כאשר אומות העולם חוטאות בחמס ובגזל המשחיתים את עצם קיום החברה ויישוב העולם, ה' מתערב ומשגיח עליהם, כפי שעשה בדור המבול ובסדום [רד"ק]. בנוסף, חטאיהם של אנשי נינוה יצרו קטרוג כה עז, עד שעל אף היותם גויים שחטאיהם לרוב אינם פוגמים בעולמות העליונים אלא רק בשר של האומה שלהם, הפעם רעתם התעצמה והגיעה ממש לפני ה' [חומת אנך].
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא כי מאחורי השליחות לנינוה מסתתרת כוונה עמוקה הקשורה דווקא לעם ישראל. ה' חפץ להחזיר את אשור למוטב כדי שיהיו ראויים לשמש כ"שבט אפו" – מכשיר הענישה שייפרע מישראל שחטאו [מצודת דוד, מלבי"ם]. כמו כן, חזרתם המהירה בתשובה של הגויים נועדה להציב מראה מאשימה מול עם ישראל, המקשה את עורפו ומסרב לשמוע לנביאיו [מלבי"ם]. הבנה זו מסבירה את סירובו של יונה: הוא בחר לתבוע את כבוד עמו על פני כבוד קונו, וסירב לקחת חלק במהלך שיוביל לפגיעה בישראל או להלבנת פניהם מול תשובת הגויים [אבן עזרא, מלבי"ם, חומת אנך].
נקודה משמעותית נוספת העולה מן הפסוק היא העמימות של הציווי. ה' אומר ליונה וּקְרָא עָלֶיהָ, אך בשלב זה אינו מוסר לו נבואה מפורשת או גזר דין חתום (כמו ההכרזה "עוד ארבעים יום ונינוה נהפכת" שתינתן לו רק בפעם השנייה). יונה מצטווה רק לקרוא דברי מוסר ותוכחה כלליים [רד"ק, אבן עזרא, מלבי"ם]. עמימות זו סיפקה ליונה מעין הצדקה הלכתית לבריחתו: מכיוון שלא נשלח להודיע גזר דין נבואי מוחלט אלא רק להוכיח, הוא הניח שאם יכבוש את נבואתו הוא יעבור אמנם על מצוות עשה, אך לא יתחייב במיתה כדין "נביא הכובש נבואתו" [מלבי"ם]. מתוך כך, נדחית הדעה שיונה ברח משום שחשש שייחשב כנביא שקר אם נינוה תחזור בתשובה והגזרה תתבטל. הרי אנשי נינוה היו נבונים מספיק כדי להבין שכל מטרת הנבואה היא לעורר אותם לתשובה כדי לבטל את הרעה, ולכן לא היו חושבים אותו לנביא שקר [אבן עזרא].