בלב הסערה המאיימת להטביע את האונייה, ניכר פער עצום בין תגובתם של יורדי הים המנוסים לבין תגובתו של הנביא הבורח. בעוד סביבו מתחוללת מהומה של חרדה, צעקות ומאמצי הישרדות, יונה בוחר להתנתק מן המתרחש ולשקוע באדישות לגורלו.
הַמַּלָּחִים, שהם מנהיגי הספינה, יועציה ואוחזי המשוטים, מבינים כי בדרך הטבע אין להם סיכוי להינצל [אבן עזרא, רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. תגובתם לסכנה מורכבת משני שלבים, רוחני ומעשי [אברבנאל]. תחילה, מתוך הבנה שהסערה נובעת מזעם עליון, הם פונים להשתדלות רוחנית: וַיִּזְעֲקוּ אִישׁ אֶל־אֱלֹהָיו. הפרשנים מציינים כי באונייה נכחו בני אדם משבעים אומות העולם, וכל אחד מהם התפלל לעבודה הזרה שלו [רש"י, מצודת דוד]. משראו שהתפילות אינן מועילות, פנו להשתדלות פיזית: וַיָּטִלוּ אֶת־הַכֵּלִים, כלומר השליכו את הסחורות והמשאות הכבדים אל הים כדי להקל על משקל האונייה, למנוע את טביעתה ולאפשר לה לנוע בחופשיות [מצודת דוד, אברבנאל].
לעומתם, וְיוֹנָה יָרַד אֶל־יַרְכְּתֵי הַסְּפִינָה. המילה יַרְכְּתֵי משמעותה אחד מהצדדים או הקצוות של כלי השייט [מצודת ציון, רד"ק]. בעוד המלחים זועקים לאלוהיהם, יונה נמנע מלהתפלל אל ה' משום שהוא בוש ונכלם להרים אליו את פניו [אברבנאל]. הוא יורד אל החלק התחתון והמכוסה של האונייה (המכונה "ספינה", להבדיל מ"אונייה" שהיא כלי השייט כולו), וַיִּשְׁכַּב וַיֵּרָדַם בשינה עמוקה [מצודת ציון, מלבי"ם].
הפרשנים מציעים מספר הסברים להתנהגותו התמוהה של יונה ולתרדמתו בעת צרה. גישה אחת תולה זאת בסיבות טבעיות ורגשיות: יונה, שכנראה לא היה רגיל בהפלגות, נרדם מתוך צער הים וסערתו [אבן עזרא], או מתוך אדישות מוחלטת לגורלו, שכן בניגוד לשאר הנוסעים שהפליגו למטרות מסחר, הוא נמצא שם רק כדי לברוח ואינו טרוד בשאלה אם יחיה או ימות [ביאור שטיינזלץ].
גישה אחרת רואה בתרדמה ובירידה לבטן האונייה צעד מחושב של השלמה עם המוות ואף חתירה אליו. השינה נחשבת כחלק מן המוות, ויונה מכין את עצמו לקראתו [אברבנאל]. יתרה מכך, יונה יודע שהסערה מתחוללת בגללו. הוא בוחר לרדת דווקא לחדר התחתון והסגור כדי להבטיח שכאשר המים יחדרו, הוא יטבע שם ולא יישטף חי אל החוף על ידי גלי הים. בכך הוא מקווה שמותו המהיר יעצור את הסערה ויציל את חייהם של אנשי הצוות הנמצאים מעליו על הסיפון [מלבי"ם].