החלטתו של הנביא לנטוש את ייעודו ולעזוב את מולדתו אינה נובעת מפחד אישי, אלא מקונפליקט אידיאולוגי עמוק וממסירות נפש לעמו. הנביא בוחר בגלות מרצון כדי למנוע את הצלתם של אויבי ישראל, מתוך הבנה שהדבר עלול להוביל לפגיעה באומתו שלו.
יונה מחליט לִבְרֹחַ תַּרְשִׁישָׁה, מקום הנמצא מחוץ לארץ ישראל, בקצה העולם הידוע של אותם ימים. הפרשנים מזהים את המקום כתרסוס שבספרד או בטורקיה, או כעיר תוניס שבאפריקה, ויש הסבורים כי זהו שמו של ים. מטרת הבריחה מוגדרת במילים מִלִּפְנֵי ה'. הפרשנים מדגישים כי יונה, שהיה מלא חכמה, לא חשב שיוכל לברוח מהשגחתו של אלוהים (מפני ה'), שכן מלוא כל הארץ כבודו. כוונתו הייתה לברוח "מלפני ה'" – כלומר, להתרחק ממקום השראת השכינה וקבלת הנבואה. הוא קיווה שמחוץ לארץ ישראל, שהיא המקום המיועד לנבואה, לא תחול עליו רוח ה' והוא לא ייאלץ ללכת בשליחות. מעבר ליציאה מארץ ישראל, יונה בחר לברוח דווקא אל הים. אף על פי שלעיתים נבואה יכולה לשרות גם בחוץ לארץ, יונה הניח ששהות באונייה יחד עם עובדי אלילים, ובסביבה שבה דעתם של יורדי הים אינה מיושבת עליהם בשל תלאות הדרך, תמנע ממנו את ההתבודדות והרוגע הדרושים להשראת השכינה [מלבי"ם].
המניע המרכזי לסירובו של יונה ללכת לנינוה נובע מדאגתו העמוקה לישראל. יונה ידע שהגויים קרובים לתשובה, וחשש שאם תושבי נינוה יחזרו בתשובה מיד, הדבר יעורר קטרוג על עם ישראל שאינו ממהר לשמוע לדברי נביאיו. יתרה מכך, הוא ידע שאשור, שנינוה היא בירתה, עתידה להחריב את ישראל, ולא רצה לשמש כלי להצלתם של מחריבי עמו. יונה בחר לתבוע את "כבוד הבן" (עם ישראל) על פני "כבוד האב" (ה'), והיה מוכן למסור את נפשו ולעבור על איסור כבישת נבואה כדי להגן על עמו.
בדרכו, יונה וַיֵּרֶד יָפוֹ, עיר נמל ששכנה באזור נמוך יותר משאר ארץ ישראל, ושם וַיִּמְצָא אֳנִיָּה בָּאָה תַרְשִׁישׁ. משמעות הביטוי היא שהאונייה הייתה מוכנה לצאת לתרשיש. לפי גישה אחרת, האונייה בדיוק הגיעה מתרשיש ליפו, ובדרך כלל בעלי אוניות ממתינים מספר ימים עד שיאספו מספיק נוסעים כדי לכסות את עלויות ההפלגה [מלבי"ם].
כדי לזרז את ההפלגה, יונה וַיִּתֵּן שְׂכָרָהּ. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שיונה, שהיה אדם עשיר, חרג מהמקובל בשני אופנים: ראשית, הוא הקדים ושילם את השכר מיד עם כניסתו לאונייה, בניגוד לנוהג לשלם רק בסוף ההפלגה. שנית, הוא לא שילם רק את כרטיסו שלו, אלא שילם את שכר האונייה כולה. הוא עשה זאת כדי שהאונייה תפליג מיד ללא המתנה לסוחרים נוספים, וכן מתוך רצון למעט את מספר הנוסעים, שכן ידע שההפלגה תהיה מסוכנת ולא רצה שיאבדו נפשות רבות [מלבי"ם]. מנגד, ישנה דעת מיעוט הסבורה כי יונה שילם רק את חלקו היחסי בהפלגה ולא את שכר האונייה כולה [אבן עזרא].
הכתוב מציין שיונה ירד לאונייה לָבוֹא עִמָּהֶם. מעבר לרצון הפיזי לנסוע בחברתם כדי לבטל את יכולתו להתנבא, יש מן הפרשנים המסבירים שיונה הסתמך על תפיסה רוחנית לפיה כוחות ההרס אינם שולטים בספינה שבה נמצאים יחד בני אומות שונות. למרות ששילם את שכר כל האונייה ובכך הפך אותה כביכול לשלו, ענוותנותו גרמה לו להחשיב את עצמו כטפל למלחים הגויים, ובכך קיווה להינצל מהסערה שעתידה לבוא [נחל שורק, חומת אנך].