קרה לכם פעם שביקשו מכם לעשות משהו, וסירבתם לא בגלל שפחדתם או התעצלתם, אלא דווקא בגלל שרציתם להגן על מישהו שאתם אוהבים מאוד? זה בדיוק מה שקורה ליונה הנביא. יונה מקבל תפקיד ללכת לעיר נינוה, אבל הוא מסרב מתוך אהבה עצומה לעם ישראל. הוא יודע שאנשי נינוה יקשיבו לו מיד וישפרו את המעשים שלהם, והוא חושש שזה יגרום לעם ישראל להיראות פחות טוב, כי לפעמים לוקח לעם זמן להקשיב לנביאים. בנוסף, הוא יודע שהעיר הזו שייכת לאומה שעלולה לפגוע בעם ישראל בעתיד, והוא ממש לא רוצה לעזור להם. יונה מוכן לוותר על התפקיד החשוב שלו כנביא, רק כדי לשמור על העם שלו.
לכן, יונה מחליט לִבְרֹחַ תַּרְשִׁישָׁה, מקום שנמצא רחוק מאוד, מחוץ לארץ ישראל וממש בקצה העולם שהיה מוכר באותם ימים. אבל רגע, האם אפשר בכלל לברוח מהשגחתו של ה'? הרי הוא נמצא בכל מקום! יונה החכם ידע זאת היטב, ולכן כשהוא בורח מִלִּפְנֵי ה', הכוונה היא שהוא מנסה להתרחק מהמקום שבו מקבלים נבואה. הוא חשב שאם הוא יצא מארץ ישראל ויהיה על אונייה בלב ים, יחד עם אנשים שאינם מאמינים בה', יהיה שם חוסר שקט ולא יהיו לו הרוגע וההתבודדות שדרושים כדי לשמוע את קולו של ה'.
יונה מתחיל במסע ומתקדם אל הים. הוא עושה זאת כאשר הוא וַיֵּרֶד יָפוֹ, כלומר הולך לעיר הנמל יפו שנמצאת באזור נמוך יותר משאר הארץ. שם, וַיִּמְצָא אֳנִיָּה בָּאָה תַרְשִׁישׁ, הוא מוצא ספינה שכבר מוכנה לצאת לדרך הארוכה לתרשיש. בדרך כלל, נוסעים היו משלמים על ההפלגה רק בסוף הדרך, אבל יונה וַיִּתֵּן שְׂכָרָהּ מיד בהתחלה. יונה היה אדם עשיר, והוא עשה דבר מאוד לא רגיל: הוא לא שילם רק על הכרטיס שלו, אלא שילם את המחיר של כל האונייה! הוא עשה את זה כדי שהספינה תצא מיד לדרך ולא תחכה לנוסעים נוספים. בנוסף, הוא ידע שההפלגה הזו תהיה מסוכנת, והוא רצה שיהיו על הסיפון כמה שפחות אנשים כדי לא לסכן חיים של אחרים. יונה עולה לספינה לָבוֹא עִמָּהֶם, כדי להיות יחד עם המלחים ולהרגיש כאחד מהם, בתקווה שכך הוא לא יקבל יותר נבואות ויוכל להגן על עם ישראל.