לאחר שניסיונותיהם של המלחים להגיע אל היבשה כשלו, הם מבינים כי לא נותרה להם ברירה אלא לקבל את הצעתו של יונה ולהשליכו אל הים. בשלב זה, כולם מגיעים לאמונה בה׳ ופונים אליו בתפילה משותפת [אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ].
המלחים פותחים במילה אָנָּה, אשר נכתבת אמנם עם האות ה׳ בסופה, אך משמעותה היא לשון בקשה ותחינה, כמו המילה "אנא" [מצודת ציון, רד"ק, מנחת שי, ביאור שטיינזלץ]. בתפילתם, הם פורסים את הדילמה המוסרית והקיומית שבה הם נמצאים, ומבקשים: אַל־נָא נֹאבְדָה בְּנֶפֶשׁ הָאִישׁ הַזֶּה וְאַל־תִּתֵּן עָלֵינוּ דָּם נָקִיא. המילה נָקִיא נכתבת בפסוק עם תוספת של האות א׳ בסופה, בדומה לתבנית של מילים כמו 'נביא' או 'נשיא' [רד"ק, מנחת שי], ומשמעותה אדם נקי מפשע.
הפרשנים מציגים שני רבדים לבקשתם של המלחים שלא לאבד את חייהם (בגופם או ברוחם) בעקבות המעשה [ביאור שטיינזלץ]. הגישה המרכזית היא שהמלחים מתחננים שלא ייענשו ולא יאבדו מן העולם בעוון שליחת היד ביונה, ומבקשים שה׳ לא יטיל עליהם אשמה ולא יחשיב להם את המעשה כאילו שפכו דם נקי [רש"י, מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ].
מנגד, מוצגת תפיסה המדגישה את המלכוד הכפול שבו נמצאים המלחים, כאשר האות ב׳ במילה בְּנֶפֶשׁ מתפרשת במובן של "בגלל" או "בעבור" [אבן עזרא]. לפי פירוש זה, המלחים טוענים כי אם לא ישליכו את יונה, הם יאבדו בגלל נפשו החוטאת. אך אם אכן ישליכו אותו כדי להינצל, הם חוששים שייענשו על מעשה ההטבעה עצמו, שכן גם אדם המשמש ככלי לביצוע עונש משמיים עלול לשאת באשמה על שפיכות דמים [מלבי"ם].
כדי לפתור מלכוד זה, המלחים מצדיקים את הפעולה שהם עומדים לבצע בהכרזה: כִּי־אַתָּה ה' כַּאֲשֶׁר חָפַצְתָּ עָשִׂיתָ. מכיוון שהתברר להם מעל לכל ספק שהסערה בים מתחוללת אך ורק בגללו [אבן עזרא], הם מבינים שהכל נתון בידיו של ה׳. הם טוענים כי אם ה׳ היה חפץ להמית את יונה שלא על ידיהם, לא הייתה לו כל מניעה לעשות זאת. מכך שה׳ הקים את הסערה ודחק אותם למצב שבו הם מוכרחים להשליכו כדי לא לטבוע כולם, הם מסיקים שזוהי גזירתו הישירה. לפיכך, הם מבקשים שהמעשה ייוחס לה׳ שחפץ בכך, ולא אליהם [מצודת דוד, מלבי"ם].