לאחר שכל מאמציהם להציל את הספינה עלו בתוהו, נאלצים המלחים לבצע את הצעד הקיצוני ולהשליך את יונה המיימה. פעולה זו מביאה לשינוי דרמטי ומיידי באיתני הטבע.
הפרשנים מדייקים בכפל הפעלים וַיִּשְׂאוּ ו-וַיְטִלֻהוּ, ומסבירים כי ההשלכה לים לא נעשתה בפזיזות או ללא הבחנה. המלחים ערכו סדרת ניסיונות פיזיים כדי לוודא מעל לכל ספק שיונה הוא אכן הגורם לסערה [מלבי"ם, אברבנאל]. תחילה הם רק נשאו אותו והטילו חלק מגופו אל המים, למשל עד ברכיו או עד צווארו. בכל פעם שעשו זאת, הים נרגע. אולם, ברגע שהעלו אותו בחזרה לספינה, הסערה התחדשה במלוא עוזה. רק לאחר שניסוי זה חזר על עצמו והוכיח את אמיתות הדבר, ולאחר שכבר הצטברו בידיהם הוכחות קודמות כמו מיקוד הסערה בספינה זו בלבד, הגורלות שהופלו והודאתו האישית של יונה, הם השליכו אותו במלואו אל הים [מלבי"ם].
תגובת הים מתוארת במושגים אנושיים. המילה וַיַּעֲמֹד משמעותה שתיקה ודממה [מצודת ציון], והיא מתארת כיצד הים נח ושקט מקצף גליו הרועשים [מצודת דוד]. המילה מִזַּעְפּוֹ משמשת כמשל, ומתארת את סערת הגלים כאילו הים היה אדם שכועס ומתמלא בזעם [אבן עזרא, מצודת ציון]. עם הטלתו המוחלטת של יונה אל המים, הסערה שככה לחלוטין, והמלחים יכלו להמשיך בדרכם בבטחה [ביאור שטיינזלץ].