לאחר שהגורל הצביע על יונה, המלחים אינם ממהרים להשליך אותו אל הים, אלא פותחים בחקירה יסודית כדי לוודא שהגורל לא נפל עליו במקרה. יונה היה נוסע אלמוני ללא סימנים מזהים, ובידו רק צידתו [ביאור שטיינזלץ], ולכן הם מפנים אליו רצף של שאלות נוקבות כדי לחשוף את שורש הסערה [אברבנאל].
תחילה הם דורשים הַגִּידָה־נָּא, כלומר אמור לנו עתה [מצודת ציון], בַּאֲשֶׁר לְמִי־הָרָעָה הַזֹּאת לָנוּ. הפרשנים מבינים צירוף זה כשאלה כפולה: מהו בדיוק החטא שבגללו באה הרעה, ולמי חטאת [רש"י, מצודת דוד, אברבנאל]. מטרת השאלה היא מעשית, שכן אם החטא הוא ממוני כגון גזל, אולי ניתן להשיב את הכסף, אך אם החטא הוא כלפי אלוהיו, ייתכן שלא ניתן לפייסו בממון [מצודת דוד]. גישה נוספת מפרשת שהם שאלו האם יונה עצמו הוא החוטא, או שמא הוא רק יודע מי מבין יושבי האונייה אשם במצב [מלבי"ם].
לאחר מכן, המלחים מציגים ארבע שאלות ממוקדות על זהותו ומוצאו. הפרשנים נחלקו לגבי המניע העומד מאחורי שאלות אלו:
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהשאלות נועדו לברר את אופי הפשע. כאשר הם שואלים מַה־מְּלַאכְתְּךָ, הם חושדים שמא פרנסתו מבוססת על רמאות, חמס והונאת הרבים [רש"י, רד"ק, מצודת דוד], או שמדובר במקצוע שיש בו עווון פלילי, כגון כומר לעבודה זרה [אברבנאל]. בשאלה וּמֵאַיִן תָּבוֹא, כלומר מאיזה מקום הגעת [מצודת ציון], הם מנסים לברר אם ברח מפשע שעשה בעיר מוצאו, או שמא עשק אנשים במקום כה רחוק עד שלא ניתן להחזיר להם את כספם [רד"ק, מצודת דוד]. יש המפרשים שאלה זו כחקירה על הוריו, שמא הוא נענש על רשעות אבותיו [אברבנאל].
השאלות מָה אַרְצֶךָ וכן וְאֵי־מִזֶּה עַם אָתָּה (כאשר האות מ"ם במילה מזה משמשת בהיפוך, במשמעות של "מאיזה עם") נועדו לברר האם חטא נגד מנהגי ארצו ועמו, או שמא פגע במצוות התלויות בארץ [רד"ק, מצודת דוד, אברבנאל]. דרך שאלות אלו הם גם מבקשים לדעת מיהו אלוהיו של יונה, כדי להבין את חומרת הפגיעה הדתית [מצודת דוד].
מול גישה זו, יש הסבורים שהמלחים חששו מענישה קולקטיבית. הם שיערו שאולי לא יונה אישית חטא, אלא נגזרה גזירת כליה על בני עירו או על בני עמו, והסערה פוגעת בהם רק משום שהוא נמצא עימם [רש"י, רד"ק]. אולם, תפיסה זו זוכה לביקורת, שכן אין זה הגיוני שגזירה על עם שלם תסכן אנשים אחרים באונייה רק בגלל נוכחותו של אדם אחד. לפיכך, מוסבר שהמלחים שאלו על ארצו ומלאכתו פשוט משום שמקצועו של אדם וסביבת מגוריו מעידים על טיבו המוסרי, והם ביקשו לתהות על קנקנו [אבן עזרא].
זווית שונה לחלוטין קושרת את השאלות לאמונות טפלות של עובדי אלילים. לפי הסבר זה, הקדמונים האמינו שלאלוהי הים ישנן שנאות שרירותיות כלפי בעלי מקצועות מסוימים שאותם אינו מוכן להשיט, כלפי נמלי מוצא ספציפיים, או כלפי עמים וארצות מסוימות. מתוך תפיסה אלילית זו, המלחים ניסו לברר איזה פרט מזהותו של יונה עורר את זעמו של שר הים [מלבי"ם].