ספר הפקודים פותח במעבר מתיאור הקמת המשכן והמצוות האידיאליות, אל המציאות הממשית של העם לקראת מסעו. הפירוט הדקדקני של המקום והזמן בפתח הדברים אינו מקרי, אלא נועד לבטא את מעמדם המיוחד של בני ישראל. הפרשנים מדמים פירוט זה למלך שנשא נשים בעבר ולא כתב להן כתובה, אך כאשר מצא אישה מיוחסת וחשובה, הקפיד לכתוב במדויק את תאריך הנישואין ומקומם. כך גם הבריאה כולה המתינה לישראל, ועבורם נכתבו הזמן והמקום המדויקים של השראת השכינה [רא"ש, צרור המור].
אופן הצגת הפרטים בפסוק מעורר עניין: הכתוב פותח בתיאור המקום מהכלל אל הפרט (מהמדבר אל האוהל), אך מיד לאחר מכן מתאר את הזמן מהפרט אל הכלל (מהיום, אל החודש, אל השנה). שינוי זה נועד ללמד כי לגבי הקדוש ברוך הוא, המקום הפיזי הוא טפל, ועיקר החשיבות היא לעצם השראת השכינה בתוך האוהל [אור החיים].
בְּמִדְבַּר סִינַי
ציון המקום מדגיש שינוי מהותי באופן התקשורת שבין ה' למשה. עד כה הדיברות ניתנו בהר סיני, אך מרגע שהוקם המשכן, הועתק הכבוד האלוהי אל האוהל, והדיבור החל לצאת מתוכו בכל מקום שבו חנו במדבר [רשב"ם, שד"ל, חזקוני]. בנוסף, אזכור המדבר מסמל את התנאי לקבלת התורה – התורה ניתנת בחינם לכל אדם, אך כדי לקנותה, על האדם להפוך עצמו לעניו ומופקר כמדבר [רבנו בחיי, רא"ש]. אזכור המדבר גם מבטא את הכרת הטוב של ה' לישראל על כך שהלכו אחריו בארץ לא זרועה [שפתי כהן].
בְּאֹהֶל מוֹעֵד
המעבר לדיבור מתוך האוהל מבטא את מידת הצניעות. בעוד שבעבר ה' נגלה בפומבי בהר סיני או בסנה, כעת, משהוקם המשכן, הדיבור נעשה בצנעה ובייחוד בתוך האוהל [רבנו בחיי].
בְּאֶחָד לַחֹדֶשׁ הַשֵּׁנִי
המשכן הוקם כבר בחודש הראשון (ניסן), ומתעוררת השאלה מדוע המתין ה' חודש שלם כדי למנות את העם. הפרשנים מסבירים כי השראת שכינה נחשבת לקבועה רק לאחר שלושים יום, בדומה לדיני קביעות דירה. לכן, רק באחד באייר, משנקבעה השכינה בתוכם באופן קבוע, הגיעה העת למנותם [שפתי חכמים, כלי יקר].
מטרת המפקד עצמו נידונה בהרחבה, והפרשנים מציגים לה מניעים שונים המשלימים זה את זה:
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמפקד נובע מתוך אהבה וחיבה עמוקה של ה' לעמו, בדומה לאדם המונה שוב ושוב את אוצרו היקר. ה' מנה את ישראל בשלוש תחנות מרכזיות המבטאות סוגי אהבה שונים: ביציאת מצרים (אהבה טבעית של אב לבניו), לאחר חטא העגל כדי לדעת כמה נותרו (אהבה המכירה בתשובתם), וכעת, עם השראת השכינה, כדי לבסס את הקשר שבין מלך לנתיניו [רש"י, תולדות יצחק].
לצד אהבה זו, למפקד היו מטרות מעשיות ורוחניות. מבחינה מעשית, העם עמד לפני יציאה למסע ולמלחמה על ארץ כנען, והיה צורך לארגן את יוצאי הצבא למבנה צבאי מסודר [רמב"ן, העמק דבר, בכור שור]. מבחינה רוחנית, מניית כל פרט ופרט נועדה להעניק לכל יחיד השגחה פרטית ולטעת בו את התודעה שהוא אינו רק חלק מהמון, אלא איבר בעל ערך עצמאי הבונה את האומה [רש"ר הירש, תולדות יצחק]. המפקד גם נועד להוכיח את טוהר הייחוס של בני ישראל ולהזים טענות שמא המצרים פגמו בשושלתם [תולדות יצחק, חומת אנך].
יתרה מכך, המפקד נועד להעלות את העם למדרגה רוחנית עליונה – סידורם בדגלים. במעמד הר סיני חזו ישראל במלאכי השרת המחולקים לארבעה מחנות, והשתוקקו להידמות להם. כעת, באמצעות המפקד, ה' מגשים את משאלתם ומסדר אותם בארבעה מחנות סביב המשכן, ובכך הופך אותם למעין מרכבה אלוהית בעולם התחתון [צרור המור, אלשיך, מלבי"ם].
חיבורו של הציווי הזה לסיום ספר ויקרא, העוסק באיסור להמיר קודש בחול, נושא מסר עמוק: כשם שה' הוא יחיד ואין לו תחליף, וכשם שאין ממירים בהמת קודש באחרת, כך ה' לעולם לא ימיר את עם ישראל באומה אחרת [רבנו בחיי, תולדות יצחק].