מפקד בני ישראל במדבר נחתם עם מניינו של שבט נפתלי, השבט השנים עשר והאחרון. תשומת לבם של רוב הפרשנים מופנית לשינוי לשוני בולט בפתיחת הפסוק: בעוד שאצל כל שאר השבטים המפקד נפתח באות ל' (כגון "לבני שמעון", "לבני גד"), כאן נכתב בְּנֵי נַפְתָּלִי ללא האות ל'.
הגישה המרכזית בקרב הפרשנים מסבירה שינוי זה על רקע העובדה שנפתלי היה השבט האחרון שנמנה, ולכן זיהויו נעשה בדרך של אלימינציה. לפי מסורת אחת, רישום המפקד התבצע תחילה בפנקס כללי אחד שכלל את כל יוצאי צבא ישראל, או באמצעות פתקים שאספו שמות מכלל המחנה. נשיאי השבטים והסופרים עברו על הרשימה הכללית ודלו מתוכה את בני שבטם אל תוך פנקסים נפרדים, ולכן נאמר בהם "לבני" – כלומר, שמות אלו מועתקים ושייכים לבני שבט פלוני. כאשר הגיעו לסוף התהליך, השמות שנותרו בפנקס הכללי היו ממילא של שבט נפתלי בלבד. משום כך לא היה צורך להעתיקם לפנקס חדש או לשייכם מחדש, והכתוב מסתפק במילים בְּנֵי נַפְתָּלִי [פני דוד, העמק דבר, ברכת אשר על התורה, חתם סופר]. יש המוסיפים כי התהליך התבטא גם בהתייצבות הפיזית: לאחר שאנשי אחד עשר השבטים יצאו מתוך הקהל הרחב, הקבוצה שנותרה היוותה מאליה את השבט האחרון, מבלי שתצטרך להזדהות באופן פעיל. דיוק לשוני זה מעיד על כך שמדובר בדיווח אותנטי של מי שחווה את האירוע בזמן אמת [רש"ר הירש].
כיוון נוסף שעולה מתוך עובדת היותו של נפתלי השבט האחרון, נוגע לשאלת נחיצות המפקד עצמו. מכיוון שמשה רבנו ידע את המספר הכולל של בני ישראל ממפקד קודם, הוא יכול היה לחשב את מספרם של בני נפתלי על ידי חיסור פשוט של שאר השבטים מהסך הכללי [פני דוד, חתם סופר]. אף שיש מי שדוחה את ההנחה שהמספרים נותרו זהים לחלוטין ושאיש לא מת בין המפקדים [שד"ל], הפרשנים מסכימים כי בני נפתלי נמנו בפועל. הכתוב מדגיש שהם נמנו בְּמִסְפַּר שֵׁמֹת, כדי ללמד שהספירה לא נועדה רק לצרכים סטטיסטיים. המעבר האישי של כל אדם לפני משה רבינו וקריאתו בשמו, נועדו להשרות עליו את השכינה ולהעניק לו ברכה. לו היו בני נפתלי נספרים רק בחישוב מתמטי, הם היו מפסידים את הזכות הרוחנית הזו, ולכן משה מנה אותם אישית ובפועל ככל שאר העם [פני דוד, חתם סופר].
לצד ההסברים המנהלתיים והרוחניים, קיימת גישה המייחסת את השמטת האות ל' להרכב הדמוגרפי הייחודי של השבט. לפי דעה אחת, בשבט נפתלי התרבו הנשים באופן ניכר והיו בו יותר בנות מאשר בנים [קיצור בעל הטורים, נחל קדומים]. מנגד, דעה הפוכה גורסת כי השינוי נובע מכך שלבני נפתלי היו בנים בלבד ללא בנות [מנחת שי].