סידור מחנה ישראל במדבר לא היה רק צורך לוגיסטי, אלא שיקוף פיזי עמוק של היררכיה רוחנית וחברתית. מיקום השבטים סביב המשכן ביטא תפקידים ייחודיים, מעלות שונות ורמות של קרבה לנוכחות האלוהית.
המילה וְהַחֹנִים פותחת באות וי"ו החיבור, כדי לקשר בין הציווי הכללי על עצם החניה סביב המשכן שהוזכר קודם לכן, לבין פירוט הסדר המדויק של המחנות שמתחיל כאן [אור החיים, ברכת אשר].
הביטוי קֵדְמָה מִזְרָחָה נראה ככפילות, אך הפרשנים מסבירים כי המילה קֵדְמָה מציינת את החזית והפנים, ואילו מִזְרָחָה באה להבהיר שחזית זו היא הרוח המזרחית, שכן המערב קרוי "אחור" [רש"י, מזרחי, גור אריה]. דעה נוספת מפרשת כי הכוונה היא לנקודת ההתחלה של צד מזרח [אבן עזרא].
הצד המזרחי נחשב למכובד והמועדף ביותר, שכן שם ממוקם פתח אוהל מועד. שבט יהודה, המסמל את המלכות, חונה בחזית מול שער מלך מלכי המלכים מתוך יראה וענווה [בכור שור, חזקוני, שפתי כהן, רש"ר הירש, The Torah]. בנוסף, רוח מזרחית היא המקור שממנו יוצא האור לעולם, בבחינת "באור פני מלך חיים" [נחל קדומים].
מיקום זה משקף את מעמדו הקבוע של יהודה כראשון ומוביל בכל משימה לאומית – בין אם בהקרבת קרבנות, ביציאה למלחמה, או בסדר הנסיעה של המחנה [רא"ש, רש"ר הירש]. כפל הלשון קֵדְמָה מִזְרָחָה בא להדגיש את חשיבותו של יהודה, שראוי לחנות בצד המבטא קדימות והתחלה [שפתי חכמים, גור אריה].
אל דֶּגֶל מַחֲנֵה יְהוּדָה מצטרפים השבטים יששכר וזבולון. חיבור זה נושא משמעות עמוקה: יששכר מייצג את לימוד התורה, וזבולון את התמיכה הכלכלית בלומדיה. מלך אינו יכול להנהיג ללא תורה, והתורה זקוקה לתמיכה חומרית כדי להתקיים [שפתי כהן]. העובדה ששבטים אלו חנו בסמוך למשה ואהרן, שחנו אף הם במזרח, הובילה לכך שכולם נעשו בני תורה, מה שמדגים את הכלל "טוב לצדיק וטוב לשכנו" [רא"ש].
הפרשנים מסכימים כי חלוקת ארבעת הדגלים לארבע רוחות השמים אינה מקרית, אלא משקפת רעיונות רחבים יותר. גישה מרכזית רואה בארבעת המחנות ייצוג של ארבע השלמויות האנושיות הנדרשות כדי שהשכינה תשרה בישראל: חכמה (מחנה יהודה במזרח, משם יוצא אור התורה), ענווה והכנעה (מחנה ראובן בדרום), גבורה (מחנה אפרים במערב), ועושר (מחנה דן בצפון, משם מגיע הזהב) [כלי יקר]. גישה משלימה קושרת בין כיווני החניה לאופיים של השבטים: המזרח מסמל אור של תורה ומלכות, הדרום החם משקף את טבעם הכעסני של ראובן ושמעון, המערב מכוון מול פני השכינה, והצפון קשור לעושר חומרי ולסכנה רוחנית [נחל קדומים].
לצד המשמעויות הרוחניות, ישנו גם היגיון צבאי וטקטי בסידור המחנות. אנשי דגל יהודה, יחד עם יששכר וזבולון, היו הקבוצה הגדולה ביותר במספרה מבין כל השבטים. משום כך הם נבחרו לנסוע בראש המחנה, המקום בו הסכנה גדולה ביותר בשעת מלחמה. לעומתם, דגל דן, שהיה השני בגודלו, נבחר לשמש כמאסף כדי להגן על המחנה מאחור [מלבי"ם].