סדר חניית השבטים במדבר משקף לא רק מיקום גיאוגרפי, אלא גם את מערכת היחסים וההיררכיה בין השבטים השונים. מיקומו של שבט מנשה בסדר המחנות מעורר דיון פרשני מעניין סביב משמעותה המדויקת של שפת המקרא.
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילה וְעָלָיו מתפרשת כסמיכות פיזית, כלומר לידו או אצלו. התלמוד אף לומד מפסוק זה כלל לשוני, לפיו המילה על במקרא יכולה לשמש במשמעות של סמיכות וקרבה. הסיבה שהתלמוד בוחר להוכיח זאת דווקא מפסוק זה, ולא מפסוקים קודמים שבהם מופיע ביטוי דומה, נובעת ממיקומו הפיזי של שבט מנשה. אזור המשכן היה מוגבה משאר המחנה, ולכן חניה בקרבתו יכלה להתפרש כחניה ממש על ההר. מכיוון ששבט מנשה חנה במרחק רב מהמשכן, ברור שהמונח וְעָלָיו בהקשר שלו אינו מציין גובה פיזי, אלא אך ורק קרבה גיאוגרפית [חתם סופר].
עם זאת, בפסוק זה קיים שינוי לשוני בולט לעומת השבטים הקודמים: התורה כותבת רק וְעָלָיו, ומשמיטה את המילה "והחונים" שהופיעה קודם לכן. השמטה זו עלולה ליצור רושם מוטעה שהמילה וְעָלָיו מבטאת עילוי וחשיבות של מנשה על פני אפרים, למרות שאפרים הוקדם לו בברכת יעקב. מסיבה זו, מדגישים הפרשנים שאין כאן ביטוי של עליונות, אלא רק ציון מקום גיאוגרפי. הוכחה לכך היא שהפסוק הבא ממשיך באותה תבנית לגבי שבט בנימין, ולא ייתכן לומר שגם בנימין נחשב לעליון על פני אפרים [שפתי חכמים, משכיל לדוד, לבוש האורה].
מנגד, יש מי שרואה בשינוי הלשוני רמז עמוק למערכת היחסים בין שני השבטים, ודווקא מזהה כאן ממד של עליונות. בעוד שהביטוי "החונים עליו" משמעו שהקטן נסמך על הגדול ותלוי בו, המילה וְעָלָיו לבדה מצביעה על כך שהגדול הוא זה שמנהיג את הקטן. לפי גישה זו, אף על פי שאפרים היה ראש הדגל בשל הנהגתו הרוחנית והניסית במדבר, מנשה היה גדול ממנו בכל הנוגע להנהגת העולם בדרכי הטבע. לכן, המילה וְעָלָיו מלמדת שמנשה הוא זה שהדריך והנהיג את אפרים בהליכות העולם המעשיות [העמק דבר].