מסע בני ישראל במדבר לא היה נדידה מקרית, אלא תהלוכה מלכותית מוקפדת ומוסדרת. בלב התנועה הזו עמד המשכן, אשר שמר על מעמדו המרכזי והקדוש גם בעת פירוקו וטלטולו בדרכים.
ההוראה וְנָסַע אֹהֶל מוֹעֵד קובעת כי המשכן ייסע בְּתוֹךְ הַמַּחֲנֹת, כלומר בדיוק באמצע מחנות ישראל. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא ששני דגלים (מחנות יהודה וראובן) נסעו לפני המשכן, ושני דגלים (אפרים ודן) נסעו מאחוריו. היערכות זו משקפת את כבודו של מלך, שחצי מצבאו הולך לפניו וחציו השני מאחוריו [בכור שור]. יש המדייקים כי משפחות גרשון ומררי, נושאי המשכן, נסעו בין מחנה יהודה למחנה ראובן כדי להספיק להקים את המשכן לקראת בואם של בני קהת, שנסעו עם כלי הקודש רק לאחר מחנה ראובן [אבן עזרא, לבוש האורה, העמק דבר]. סידור זה יצר חציצה והגנה סביב המשפחה המיוחסת שנשאה את כלי הקודש, ושמר על המרכז המקודש גם בתנועה [The Torah: Women's Commentary]. דעה ייחודית מציעה כי "אוהל מועד" הנזכר כאן הוא למעשה הארון ובו שברי הלוחות, שהיה יוצא עמהם למלחמה [חזקוני]. גישה אחרת מתארת מציאות ניסית, ולפיה הארון הוא זה שנשא את אוהל מועד, והענן הסיע את הלוויים ואת שאר המחנות בעודם יושבים במקומם [שפתי כהן].
גם כאשר המשכן היה מפורק וארוז, קדושתו לא פקעה. דיני הקדושה, כגון אכילת קדשים קלים והרחקת טמאים מהמחנה, נותרו בתוקף מלא גם במהלך המסע [תורה תמימה, רש"ר הירש]. רמז לעליונותו של מחנה השכינה ניתן למצוא בכך שהמילה המחנות נכתבה חסר אות ו', ללמד שכל שאר המחנות נחשבים חסרים לעומת מחנה הלוויים [שפתי כהן, אוהב גר].
לגבי צורת ההליכה עצמה, מתגלעת מחלוקת מרתקת סביב ההוראה כַּאֲשֶׁר יַחֲנוּ כֵּן יִסָּעוּ. גישה אחת גורסת שצורת המסע הייתה "כתיבה" – המחנות שמרו על אותו מבנה מרובע שהיה להם בחנייה, כאשר המשכן באמצע והשבטים מקיפים אותו מארבעת עבריו. לעומת זאת, הגישה השנייה טוענת שהם נסעו "כקורה" – בקו ישר, דגל אחר דגל [תורה תמימה, מלבי"ם, משכיל לדוד, ברכת אשר, רש"ר הירש].
לפי הדעה שנסעו בקו ישר, עולה השאלה כיצד מתקיים הציווי שייסעו בדיוק כפי שחנו. יש המשיבים כי ההוראה מופנית רק למחנות ישראל, שנדרשו לשמור על המבנה הפנימי של כל דגל ודגל, ולא למחנה הלוויים [אבן עזרא, מלבי"ם, בכור שור]. אחרים מסבירים שההשוואה בין החנייה למסע נועדה ללמד שכשם שחנייתם הייתה על פי ה', כך גם נסיעתם נעשתה על פי ה' [תורה תמימה]. לחלופין, הדבר מלמד שגם הלוויים שלא נשאו משא הלכו יחד כקבוצה מלוכדת, כפי שעשו בחנייתם [העמק דבר]. בממד הרוחני, ההשוואה מלמדת שעלינו לשמור על המקדש הפנימי ועל התורה שבתוכנו בכל מצב – בין אם אנו במצב של מנוחה ושלווה, ובין אם אנו מיטלטלים במאבקי החיים ובמדבר הרוחני [חומש קה"ת].
ההנחיה שכל אִישׁ עַל יָדוֹ ייסע, משמעותה שכל אדם הלך במקומו המיועד ובצד הקבוע לו [רש"י, אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ], בסמוך לנושאי המשכן [העמק דבר]. לבסוף, המילה לְדִגְלֵיהֶם מצביעה על כך שגם ללוויים היו דגלים משלהם לכל בית אב, והם נצטוו לצעוד בסמוך לדגלים אלו שליוו את נושאי אוהל מועד [העמק דבר].