ארגון מחנה ישראל במדבר לא היה מבוסס על צרכים לוגיסטיים בלבד, אלא היווה מבנה מחושב המשקף היררכיה רוחנית, חברתית וקוסמית עמוקה. המחנה עוצב כתבנית המקבילה לעולמות העליונים, כאשר הנוכחות האלוהית ניצבת במרכז, וממנה מקרינה הקדושה כלפי חוץ אל השבטים המקיפים אותה בסדר מדויק.
הפרשנים מציעים מספר גישות להבנת המילים אִישׁ עַל דִּגְלוֹ בְאֹתֹת. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהאותות היו מפות בד צבעוניות שהתנוססו על כל דגל. צבעו של כל שבט תאם במדויק לגוון האבן המייצגת אותו בחושן של הכהן הגדול. מעבר לצבע, על כל דגל התנוסס סמל ייחודי שאפיין את השבט: בדגלו של ראובן צויר אדם (זכר לדודאים שמצא), בדגל יהודה צויר אריה, בדגל אפרים שור, ובדגל דן נשר [רמב"ן, רשב"ם, טור, רבנו בחיי ואחרים]. ציורים אלו לא נבחרו באקראי, אלא הקבילו לארבע פני החיות במרכבת השכינה שראה יחזקאל הנביא. דעה נוספת גורסת כי האותות כללו את שמותיהם של שלושת האבות שהיו חקוקים על הדגלים [חזקוני, צאינה וראינה]. לעומת זאת, יש המפרשים כי המילה בְאֹתֹת מתייחסת לחלוקה פנימית ומפורטת יותר, ולפיה לא רק לכל מחנה או שבט היה דגל, אלא גם לכל משפחה ובית אב היה סימן עצמאי משלה [העמק דבר].
מעבר לסמלים הפיזיים, המילים לְבֵית אֲבֹתָם מצביעות על מסורת היסטורית עתיקה. הפרשנים מסבירים כי סדר החניה לארבע רוחות השמיים תאם במדויק לצוואתו של יעקב אבינו. טרם מותו, יעקב הורה לבניו כיצד לשאת את מיטתו ממצרים, וקבע אילו שבטים ילכו בכל צד. כאשר ציווה ה' למשה לסדר את המחנות, משה חשש שהדבר יעורר קנאה ומחלוקת בין השבטים על מיקומי הכבוד. אולם ה' הרגיעו והסביר כי השבטים כבר מכירים את מקומם המסורתי מימי אביהם, וכך נמנעה תחרות ונשמרה האחדות בעם [רש"י, רא"ש, כלי יקר, אלשיך]. הרצון של ישראל להסתדר בדגלים נבע מחוויית מעמד הר סיני, שם ראו את מלאכי השרת מסודרים במחנות וביקשו להידמות להם, כדי להראות לכל העמים ששם ה' חופף עליהם [רבנו בחיי, כלי יקר].
סידור המחנות לארבע רוחות השמיים נשא משמעות סמלית עמוקה:
במזרח, הכיוון ממנו יוצא האור לעולם, חנה מחנה יהודה, המסמל את כוח המלוכה. עמו חנו יששכר, המסמל את לימוד התורה, וזבולון, המסמל את העושר התומך בלומדי התורה. מחנה זה היה הראשון לנסוע [רמב"ן, טור, רבנו בחיי].
בדרום, משם מגיעים טללי ברכה וגשמים, חנה מחנה ראובן. ראובן מסמל את מידת התשובה, ואליו התלווה גד, המסמל גבורה, שכן האדם זקוק לגבורה פנימית כדי לשוב בתשובה ולהתגבר על יצרו [רמב"ן, רבנו בחיי].
במערב חנה מחנה אפרים, יחד עם מנשה ובנימין. כיוון זה נקשר לנוכחות השכינה, וכן לצורך בריפוי רוחני, כמשקל נגד לחטא העבודה הזרה העתידי של ירבעם שמקורו בשבט אפרים [רמב"ן, רבנו בחיי].
בצפון, המייצג את החושך, חנה מחנה דן. שבט זה נקשר אל החושך הרוחני של העבודה הזרה (עגלי הזהב שהוצבו בעיר דן בעתיד). לכן, צורפו אליו שבט אשר, שברכתו היא שפע שמן המפיץ אור, ושבט נפתלי, כדי להאיר ולכפר על אותו חושך [רמב"ן, רבנו בחיי].
במרכז המחנה עמד המשכן, והשבטים חנו סביבו. המילה מִנֶּגֶד מתפרשת על ידי מרבית הפרשנים כמרחק של "מיל" (אלפיים אמה). מרחק זה אינו מקרי, אלא הוא שיעור "תחום שבת". ההרחקה נועדה לאפשר לכל בני ישראל להגיע אל המשכן ואל משה גם ביום השבת כדי להתפלל וללמוד, מבלי לעבור על איסורי תחומין [רש"י, רש"ר הירש, משכיל לדוד].
בין מחנות השבטים לבין המשכן חנו הלווים. מיקום זה נועד ליצור הדרגתיות בקדושה. הלווים, שנבחרו לעבודת ה', הקיפו את אֹֽהֶל־מוֹעֵ֖ד, כאשר במזרח - מול פתח המשכן הנחשב לצד המכובד ביותר - חנו משה, אהרן ובניו. מיקומם בחזית נועד הן לבטא את מעלתם, והן כדי שיהוו גורם מפשר ומגן במקרה של כעס אלוהי על העם [רבנו בחיי, רלב"ג]. המבנה המעגלי וההרמוני הזה, שבו המשכן ניצב בלב, הלווים סביבו, והשבטים מקיפים אותם במעטפת החיצונית, מדומה על ידי הפרשנים ללב הפועם במרכז הגוף ומזרים רוח חיים לכל האיברים שסביבו [מלבי"ם].