סידור השבטים במדבר משקף היררכיה רוחנית והיסטורית עמוקה. האגף המערבי של המחנה מוקדש כולו לצאצאי רחל אמנו – אפרים, מנשה ובנימין – החונים יחד תחת דגל אחד בהנהגת שבט אפרים [חזקוני, שפתי כהן]. הכיוון שאליו פונה הדגל מוגדר במילה יָמָּה, שמשמעותה פנייה לצד מערב [ביאור שטיינזלץ].
למיקום המחנה בצד מערב ישנה משמעות סמלית רחבה. כיוון זה מכוון כנגד מחנהו של המלאך רפאל וכנגד כוח הרפואה. צורך זה ברפואה רוחנית נועד בראש ובראשונה עבור שבט אפרים עצמו, שעתיד לצאת ממנו המלך ירבעם אשר חטא והחטיא את ישראל. יתרה מכך, משב הרוח המערבית נחשב למביא רפואה, רוגע ויציבות לעולם, וצד מערב מוכר במסורת כצד שבו שורה השכינה [שפתי כהן].
אף על פי שמנשה היה הבכור מבין בני יוסף וראוי היה לעמוד בראש, הדגל והמחנה נקראים על שמו של אפרים. הבחירה באפרים נובעת ממשמעות שמותיהם של האחים: בעוד ששמו של מנשה מבטא שכחה, כפי שנאמר "נשני אלהים", שמו של אפרים מסמל צמיחה ופריון דווקא מתוך קושי וסבל, על שם "כי הפרני אלהים בארץ עניי". בחירה זו נועדה לרמז על כך שהשכינה נמצאת עם עם ישראל גם בתוך קשיי הגלות [שפתי כהן].
בנוסף, השימוש במילה מַחֲנֵה במקום במילה "מטה" אינו מקרי. בחירה לשונית זו באה לרמז לא רק על ההתאספות הפיזית של השבטים, אלא גם על המחנה השמימי של המלאך רפאל החונה עליהם ומלווה אותם ממרום [שפתי כהן].