משבר רוחני עצום מאיים על קיומה של האומה, וכדי לעצור את המגפה המשתוללת, נדרשת פעולה משפטית פומבית ונחרצת. הציווי האלוהי למשה מציג מערכת של דין אנושי שנועדה להחליף את הענישה השמימית הכוללת ולכפר על חילול השם ההמוני.
הציווי קַח אֶת כָּל רָאשֵׁי הָעָם מעורר דיון רחב בקרב הפרשנים באשר לזהות האנשים שנלקחו ומהות עונשם. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמשה נצטווה לאסוף את מנהיגי העם והשופטים ולמנותם להרכבים משפטיים רבים. תפקידם היה לדון את החוטאים שעבדו לבעל פעור, ולפי גישה זו, המילה "אוֹתָם" בהמשך הפסוק מתייחסת לחוטאים עצמם ולא למנהיגים. עם זאת, קיימת דעה שונה ולפיה המנהיגים עצמם הם אלו שנידונו למוות. למרות שלא חטאו בעבודה זרה, הם נענשו משום שעמדו מנגד, לא מיחו בחוטאים ולא עצרו את ההידרדרות, ובשתיקתם נחשבו כשותפים לפשע [תורה תמימה, הכתב והקבלה, פירושן של נשים].
אופן הענישה מתואר במילה וְהוֹקַע, המפורשת לרוב כתלייה או הריגה פומבית. מאחר שעונשם של עובדי עבודה זרה הוא סקילה, הפרשנים מסבירים כי לאחר הסקילה היו תולים את החוטאים, כפי שנהוג בדיני המגדף ועובד עבודה זרה [רש"י, תורה תמימה, מלבי"ם]. יש המקשרים את השורש הלשוני של המילה לפועל "תקע", המעיד על נעיצה וחיבור לעץ, או למילה הארמית המקבילה לצוואר, המרמזת על תלייה מהצוואר [הכתב והקבלה]. בנוסף, התלייה בין שמים לארץ מסמלת את דחייתו המוחלטת של החוטא – העבירה כה חמורה עד שאין לו מקום מנוחה לא בשמים ולא בארץ [רש"ר הירש].
הדרישה לבצע את גזר הדין נֶגֶד הַשָּׁמֶשׁ נושאת משמעויות משפטיות, סמליות ונסיוֹת. במישור ההלכתי, הדבר מלמד שדיני נפשות – מתחילת הדיון ועד ביצוע גזר הדין – חייבים להיעשות ביום בלבד, באור גלוי ולא במחשכים, וכי יש לקבור את המת לפני שקיעת החמה [תורה תמימה, רש"ר הירש, מלבי"ם]. במישור הסמלי, ההוצאה להורג נועדה להיות לעין כול. מכיוון שהחוטאים חיללו את שם ה' בפרהסיה, גם עונשם צריך להיות פומבי, כדי לקדש את שם ה', להרתיע את הציבור ולכפר על מי שלא מחה [ספורנו, רבנו בחיי, אבן עזרא]. מעבר לכך, יש כאן יסוד של מידה כנגד מידה, שכן פולחן פעור היה קשור לעבודת השמש [מלבי"ם]. במישור הניסי, הפרשנים מביאים מסורת מדרשית ולפיה השמש עצמה שימשה ככלי לזיהוי החוטאים: ענני הכבוד, שחזרו להגן על העם בזכות משה, התקפלו מעל ראשיהם של עובדי העבודה הזרה, וקרני השמש קפחו עליהם והסגירו אותם לעיני השופטים [רש"י, רבנו בחיי, ריב"א, שפתי חכמים].
הפסוק נחתם בהבטחה וְיָשֹׁב חֲרוֹן אַף ה'. מדוע דווקא עשיית משפט אנושי עוצרת את הכעס האלוהי? הפרשנים מסבירים כי בית דין של מטה מוגבל ביכולותיו: הוא רשאי להעניש רק כאשר ישנם עדים והתראה. לעומת זאת, כאשר מגפה אלוהית משתוללת, היא פוגעת גם במי שחטא בסתר, ללא עדים, ואף במי שרק תכנן לחטוא. לכן, הקמת בתי הדין וביצוע המשפט על ידי בני אדם הם למעשה מעין עצה מאת ה' שנועדה לעצור את מידת הדין השמימית, להרגיע את החרון, ולהציל את שאר העם ממוות המוני [אור החיים, העמק דבר]. עצם ישיבתם של דיינים בארץ מונעת את הצורך בהתערבות של דיינים ממרום [תורה תמימה].