בעקבות החטא החמור בשיטים והנהייה אחר עבודה זרה, ניתנת הוראה דרמטית להנהגה המשפטית לבער את הנגע מתוך המחנה באמצעות ענישה. הציווי מופנה אל שֹׁפְטֵי יִשְׂרָאֵל, שהם המנהיגים הממונים על העם [ביאור שטיינזלץ], ובפרט בתי הדין של כל שבט ושבט [מלבי"ם].
השופטים נדרשים להעניש את הַנִּצְמָדִים לבעל פעור. בחירת המילה מצביעה על חיבור חזק והדוק במיוחד, בדומה לצמיד הכרוך בחוזקה, דבר המדגיש את חומרת החטא ואת סירובם של החוטאים להיפרד מהעבודה הזרה [תורה תמימה]. יתרה מכך, התיאור מצביע על כך שהחוטאים לא נגררו רק אחר תאוות בשרים, אלא עבדו עבודה זרה ממש, ורק בשל כך היו חייבים מיתה בידי אדם [העמק דבר].
באשר לאופן ביצוע הדין, הכתוב מורה לשופטים להרוג אִ֣ישׁ אֲנָשָׁ֔יו. סביב משמעות ציווי זה מתקיימת מחלוקת פרשנית מרתקת. גישה אחת, הנשענת על מסורת חז"ל, דורשת את לשון הרבים המינימלית של המילה "אנשיו" ומסבירה כי כל אחד מתוך שבעים ושמונה אלף השופטים שהיו בישראל נצטווה להרוג אישית שני חוטאים [רש"י, תורה תמימה]. משמעות הדבר היא היקף עצום של למעלה ממאה וחמישים אלף הרוגים [ברכת אשר על התורה].
מנגד, פרשנים רבים מתקשים לקבל גישה זו. הם טוענים כי על פי ההלכה אין דנים דיני נפשות בדיין יחיד אלא בבית דין של עשרים ושלושה, וכן שרישומי המפקדים של בני ישראל אינם משקפים ירידה כה דרסטית באוכלוסייה [רמב"ן, הטור הארוך]. לכן, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהציווי נועד לחלק את סמכויות השפיטה: כל ראש בית דין או כל הרכב משפטי נדרש לשפוט אך ורק את החוטאים הנמצאים תחת הנהגתו ואחריותו השבטית [רמב"ן, הטור הארוך, רלב"ג, רש"ר הירש, אבן עזרא, אם למקרא]. עונש המוות שנגזר על החוטאים היה אמור להתבצע בתלייה [חזקוני].
עם זאת, קריאה היסטורית של האירועים מעלה כי ייתכן שפסק דין המוני זה מעולם לא יצא אל הפועל. בעוד השופטים מתכנסים לקיים את הוראת משה, ובזמן שמגפה קטלנית כבר משתוללת במחנה, קם זמרי בן סלוא וביצע את חטאו בפומבי כדי למרוד בסמכות השופטים. אל מול בכיים וחוסר האונים של ההנהגה, קם פינחס ועשה דין בעצמו. פעולתו הקנאית עצרה מיד את המגפה והשיבה את חרון אפו של ה'. מאחר שהושגה מטרת הענישה והמגפה נעצרה, בוטל הצורך בכך שהשופטים ידונו את העם, והחוטאים שנותרו בחיים הושמדו מאוחר יותר בידי ה' עצמו בטרם חצו את הירדן [רמב"ן, הטור הארוך, ברכת אשר על התורה].