בלב משבר רוחני ולאומי חריף, כאשר מגפה קטלנית מאיימת לכלות את עם ישראל, מתייצב אדם אחד ומשנה את מהלך ההיסטוריה. מתוך קנאה עמוקה לכבוד ה', הוא מבצע מעשה דרמטי שעוצר את המשבר ומציל את האומה מכליון.
מדוע הכתוב פותח בפירוט מדוקדק של ייחוסו, פִּֽינְחָ֨ס בֶּן־אֶלְעָזָ֜ר בֶּן־אַהֲרֹ֣ן הַכֹּהֵ֗ן? הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהפירוט בא בתגובה לזלזול ולביקורת מצד השבטים. העם לעג לפינחס וטען: כיצד אדם שאבי אמו (יתרו) פיטם עגלים לעבודה זרה, מעז להרוג נשיא שבט בישראל? [רש"י, גור אריה, כלי יקר]. בתגובה, הכתוב מייחס אותו לאהרן הכהן כדי לטהר את שמו ולהוכיח שייחוסו טהור [ריב"א]. מעבר לכך, האזכור של אהרן יוצר הקבלה ברורה: כשם שאהרן עצר בעבר מגפה בעזרת קטורת, כך נכדו פינחס עצר את המגפה הנוכחית [תורה תמימה, שפתי כהן]. ויש המוסיפים כי בעוד שאהרן הביא בעקיפין למיתה בחטא העגל, בא נכדו ותיקן זאת כשהציל את העם מכליון [אור החיים].
המילה קִנְאָה אינה מבטאת כעס קטנוני, אלא התייצבות אמיצה להגנת כבוד ה'. פינחס פעל מתוך הזדהות מוחלטת עם רצון הבורא, עד כדי כך שהפך את הפגיעה באלוהים לכאב אישי שלו [רש"ר הירש, אבן עזרא]. גישה ייחודית מסבירה שהשורש ק.נ.א קשור למושג של צירוף וזיקוק מתכות; פינחס בער את הרע מתוך העם, ובכך טיהר וזיקק את שאר האומה [הכתב והקבלה]. פינחס, שהיה איש רוח ותורה ולא איש חרב, פעל במסירות נפש במקום שבו המנהיגים הגדולים שתקו ולא ידעו כיצד להגיב [צאינה וראינה, חומש קה"ת].
הכתוב מתאר את המעשה במילים בְּקַנְאוֹ אֶת־קִנְאָתִי בְּתוֹכָם. צירוף זה מקפל בתוכו שלוש רמות של שלמות במעשהו: בְּקַנְאוֹ מלמד שהוא סיכן את חייו האישיים; אֶת־קִנְאָתִי מבהיר שכוונתו הייתה טהורה ולשם שמים בלבד, ללא מניעים אישיים או פוליטיים; והמילה בְּתוֹכָם מדגישה שהמעשה נעשה בפומבי, לעיני כל העדה [אור החיים]. עשיית הדין הפומבית היוותה כפרה על כך שהעם עצמו עמד מנגד ולא מחה בחוטאים קודם לכן [ספורנו].
התוצאה הישירה של מעשהו הייתה הֵשִׁ֤יב אֶת־חֲמָתִי֙. חמת ה' לא שככה מעצמה, אלא פינחס הוא שעצר אותה באופן פעיל [אור החיים]. הוא הצליח לסלק את "החמה" – הכעס הפנימי והעמוק ביותר של מדת הדין [מלבי"ם]. המגפה נעצרה לחלוטין ולא התפשטה מעבר לשבט שמעון, ובכך התקיים וְלֹא־כִלִּ֥יתִי אֶת־בְּנֵֽי־יִשְׂרָאֵ֖ל [רבנו בחיי]. משום כך, מדגישים הפרשנים, על בני ישראל להכיר לו תודה ולא לשנוא אותו על שהרג את נשיאם, שכן במעשהו הוא העניק לכולם את חייהם במתנה [דעת זקנים, הדר זקנים]. פעולתו הקיצונית, שנעשתה ביוזמה אישית וללא ציווי מפורש [ביאור שטיינזלץ], זיכתה אותו בשכר מידי ועתידי: מכיוון שהרג נשיא ובת מלך וקנה לעצמו אויבים רבים, ה' העניק לו "ברית שלום" כדי להגן עליו [אברבנאל, צרור המור], ומכיוון שהעניק לעם ישראל חיים, זכה הוא עצמו לברית כהונת עולם [רבנו בחיי].