הפסוק מתאר את התמורה העצומה לה זכה אדם אשר קם ועשה מעשה ברגע של משבר לאומי חמור. מתוך מסירות נפש וקנאות לאמת, הוא עצר מגפה כבדה שהכתה בעם, ובזכות כך קשר את גורלו ואת גורל צאצאיו בברית נצחית עם ה'.
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שההבטחה וְהָיְתָה לּוֹ וּלְזַרְעוֹ אַחֲרָיו בְּרִית כְּהֻנַּת עוֹלָם מעוררת שאלה בסיסית: והלא פינחס היה נכדו של אהרן, ומדוע לא היה כהן עד עתה? הפרשנים מסבירים כי הכהונה ניתנה במקור רק לאהרן ולבניו שנמשחו עמו, ולצאצאים שייוולדו להם לאחר מכן. פינחס, שכבר היה חי בעת משיחת המשכן, נותר במעמד של "זר" ולא נכלל בכהונה עד לאותו רגע [רש"י, רבנו בחיי, רש"ר הירש].
מדוע המתין ה' ולא משח את פינחס לכהונה יחד עם אביו וסבו? יש המסבירים כי פינחס היה אז קטן, ואין מושחים קטן לכהונה [גור אריה, שפתי חכמים]. גישה אחרת מציעה כי ה' ידע שפינחס יזכה בכהונה בזכות מעשיו שלו, ולא רק מכוח ירושת אבותיו [אור החיים, שפתי חכמים]. טעם עמוק נוסף הוא שאילו היה פינחס כהן מלכתחילה, עלול היה העם לטעון שמעשהו נבע מ"כעסנות" וקפדנות המיוחסת לעיתים לכהנים; משום כך הושארה כהונתו להמתנה, כדי שיהיה ברור שפעל מתוך שיקול דעת וקנאה טהורה לכבוד ה' [תורה תמימה].
מעמדו החדש של פינחס כלל את העלאתו וזַרְעוֹ לדרגת כהונה גדולה, וכן מינויו כ"משוח מלחמה" [אבן עזרא, רלב"ג, דעת זקנים, בכור שור, חזקוני]. הענקת הכהונה כאן מהווה גם הגנה משפטית ורוחנית. בדרך כלל, כהן שהרג את הנפש פסול מעבודת המקדש ומנשיאת כפיים. אולם מכיוון שפינחס הרג את זמרי בטרם הפך לכהן, ומכיוון שמעשהו נועד להשכין שלום ולעצור מגפה, הוא לא נפסל, ואף הובטח לו שיעבוד עבודה לעולם [צרור המור, ברכת אשר על התורה]. יתרה מכך, חכמים ביקשו לנדות את פינחס, שכן קנאות המלווה בהריגה אינה מעשה שרוח חכמים נוחה הימנו בדרך כלל, אך רוח הקודש קפצה והגנה עליו באמצעות פסוק זה, המאשר את טוהר מניעיו [תורה תמימה]. עוצמתה של הברית הזו כה גדולה, עד שהיא מכשירה בדיעבד אפילו צאצאים של פינחס שיתגלו כפסולי חיתון (כגון בן גרושה), ועבודתם במקדש תישאר כשרה [תורה תמימה, צפנת פענח, חתם סופר].
התורה מנמקת את השכר במילים תַּחַת אֲשֶׁר קִנֵּא לֵאלֹהָיו. משמעות המילה לֵאלֹהָיו היא "בשביל אלוהיו" או "למען אלוהיו" [רש"י, מזרחי]. פינחס פעל מתוך אהבת ה' [אבן עזרא], והכוונה היא שקציפתו ורוגזו היו אך ורק לשם שמים [העמק דבר]. מאחר שכל העם עמד מנגד ואיש לא התמלא קנאה מלבדו, נקרא ה' כאן "אלוהיו" הפרטי, שכן רק הוא קידש את שמו באותה שעה [שפתי כהן].
התוצאה של מעשהו מתוארת במילים וַיְכַפֵּר עַל בְּנֵי יִשְׂרָאֵל. בדרך כלל הריגה מביאה חרון אף, אך כאן מלמדים הפרשנים כי השופך את דמם של רשעים נחשב כאילו הקריב קרבן המכפר על העם [רבנו בחיי, צאינה וראינה, רא"ש]. בעשותו נקמה פומבית, הוא כיפר על כך שישראל לא מיחו בחוטאים [ספורנו, הכתב והקבלה]. בזכות העובדה שפינחס מסר את נפשו כדי לכפר על בני ישראל ולעשות שלום בינם לבין אביהם שבשמים, מידה כנגד מידה הוא זכה לכהונה, שמהותה היא המשך עשיית כפרה על ישראל לדורות עולם באופן תמידי [אור החיים, ספורנו, העמק דבר, בעל הטורים].
סביב המילים וּלְזַרְעוֹ אַחֲרָיו מתקיימת מחלוקת הנוגעת לזהותו הנצחית של פינחס. מסורת מרכזית מזהה את פינחס עם אליהו הנביא, העתיד לבשר על הגאולה ולהשיב לב אבות על בנים. לפי גישה זו, לא הוזכר בברית זו "מלח" (כפי שהוזכר בברית הכהונה של אהרן), משום שפינחס עצמו הוא נצחי ולא תשלוט בו מיתה [רבנו בחיי, אור החיים, רש"ר הירש]. מנגד, יש הטוענים כי עצם המילה אַחֲרָיו מוכיחה שפינחס מת ככל אדם ואיננו אליהו, וההבטחה היא רק שצאצאיו יירשו את הכהונה [אבן עזרא]. פרשנים אחרים דוחים ראייה זו, ומסבירים שהמילה אַחֲרָיו מתייחסת לזמן שאחרי הסתלקותו מן העולם, ואינה סותרת את היותו אליהו [רבנו בחיי, תולדות יצחק].