ברגע משבר דרמטי, כאשר מנהיגות העם ניצבת משותקת לנוכח חילול ה' פומבי ומגפה קטלנית המפילה חללים רבים, קם אדם יחיד ומשנה את פני המערכה. מתוך מסירות נפש וקנאות יוקדת לכבוד ה', הוא בוחר לצאת מתפקידו המסורתי כאיש שלום ורוח, ולאחוז בנשק כדי לעצור את הפורענות.
המילה וַיַּרְא מעוררת את שאלת הפרשנים: מה בדיוק ראה פינחס שגרם לו לפעול? הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שפינחס "ראה מעשה ונזכר הלכה". לנוכח מעשהו הפומבי של זמרי, צפה ועלתה בזיכרונו ההלכה הקובעת כי "הבועל ארמית – קנאין פוגעין בו", כלומר, אדם המקיים יחסי אישות עם אישה נוכרית בפרהסיה, רשאים המקנאים לכבוד ה' להורגו. גישה אחרת מציעה שפינחס ראה כיצד מלאך משחית בעם באמצעות המגפה, והבין שאין עת להמתין [תורה תמימה]. דעה נוספת גורסת כי הוא פשוט ראה שאיש אינו קם למחות על חילול ה', ולכן פעל בעצמו [חזקוני, תורה תמימה].
הלכת "קנאים פוגעין בו" היא חריגה וייחודית. היא אינה מבוצעת כפסק דין רגיל של בית דין, ואף חל עליה הכלל שאם אדם בא לשאול רשות מבית הדין האם להרוג את החוטא – מורים לו שלא לעשות זאת. הפעולה חייבת לנבוע מדחף פנימי עמוק וספונטני של קנאות טהורה בזמן המעשה עצמו [שפתי חכמים, מזרחי, ברכת אשר]. משום כך, כאשר פינחס הזכיר את ההלכה בפני משה, משה לא הורה לו במפורש מה לעשות, אלא רמז לו שעליו לבצע זאת בעצמו, באומרו: "קורא האיגרת – הוא יהיה השליח" [רש"י, רבנו בחיי, רא"ש].
התורה מדגישה את ייחוסו, פִּינְחָס בֶּן אֶלְעָזָר בֶּן אַהֲרֹן הַכֹּהֵן, כדי להעצים את גודל מעשהו. פינחס היה תלמיד חכם וכהן, אנשים שאינם מורגלים במלחמות ובשפיכות דמים. למרות זאת, הוא יצא משורת הדין, עזב את אומנותו הרוחנית, ושם את נפשו בכפו מול שבט שמעון כדי להשיב את חרון אפו של ה' [תולדות יצחק, צרור המור, רבנו בחיי].
המילים וַיָּקָם מִתּוֹךְ הָעֵדָה מלמדות שפינחס ישב באותה עת יחד עם משה, השופטים ומנהיגי העם בחצר אוהל מועד [אבן עזרא, רש"ר הירש, ביאור שטיינזלץ]. בעוד שהעדה כולה בכתה או נשאה ונתנה בדין כיצד יש לנהוג, פינחס קם מתוכם, התנדב ולקח יוזמה [רא"ש].
פינחס לקח רֹמַח, כלי נשק שנועד להטלה או לדקירה [רש"ר הירש]. הפרשנים מדייקים במילים וַיִּקַּח רֹמַח בְּיָדוֹ ומסבירים כי פינחס לא צעד בגלוי עם נשק שלף. כדי שיוכל לעבור את ההמון משבט שמעון שהקיף את זמרי מבלי שיעצרו אותו, הוא נקט בתחבולה: הוא פירק את חוד הברזל של הרומח והסתיר אותו בבגדו, והשתמש בקנה העץ כבמקל הליכה שעליו נשען. רק כאשר נכנס לאוהל, חיבר מחדש את הברזל לעץ. ממעשה זה למדו חכמים את ההלכה שאין להיכנס לבית המדרש עם כלי נשק גלוי [רא"ש, תורה תמימה, שפתי כהן]. בזכות פעולתו האמיצה שנעשתה בידו, זכו הכהנים לדורותיהם במתנת הכהונה "זרוע" מכל בהמה שנשחטת, כנגד זרועו של פינחס שאחזה ברומח [רבנו בחיי, תורה תמימה].