מעשה הקנאות של פינחס עוצר את חרון האף האלוהי באמצעות פעולה פיזית ישירה ומיידית. פינחס מסכן את חייו ונכנס אל מקום החטא כדי לפגוע בחוטאים בשעת מעשה, ובכך הוא מקדש את שם ה' ומציל את העם כולו מכיליון.
הפרשנים עומדים על משמעות המילים המתארות את זירת האירוע. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילה הַקֻּבָּה מתארת אוהל, חדר או חדר פנימי קטן [רש"י, רשב"ם, אבן עזרא, רש"ר הירש, ביאור שטיינזלץ, נתינה לגר]. לעומת זאת, סביב המילה קֳבָתָהּ קיימת מחלוקת פרשנית. יש המפרשים מילה זו כבטנה או חלל מעיה של האישה [רשב"ם, רש"ר הירש, נתינה לגר]. מנגד, פרשנים אחרים מסבירים כי הכוונה היא לאיבר המין הנקבי שלה [רש"י, שד"ל, ביאור שטיינזלץ, חזקוני]. לפי גישה זו, פינחס כיוון את דקירתו בדיוק אל איברי הרבייה של האיש והאישה, כדי שכולם יראו בעליל את אופי החטא, את טומאתם, ושלא יאמרו שפינחס הרג אותם לחינם או מתוך שנאה אישית. פירוש נוסף מציע שהמילה מציינת פשוט את עצם הקובה, כלומר האוהל שבו היא שהתה [אבן עזרא].
הכתוב מדגיש את זהותו של החוטא וחוזר פעמיים על הצירוף אִֽישׁ־יִשְׂרָאֵ֜ל. חזרה זו נועדה להבליט את העוול והניגוד החריף שבמעשה – חיבור פסול בין ישראלי למדינית. לחלופין, הדבר בא ללמד שגם אדם שמחלל שם שמים ברבים עדיין נחשב חלק מישראל [ברכת אשר על התורה]. באשר לפגיעה בצירוף וְאֶת־הָאִשָּׁ֖ה, עולה השאלה מדוע היא נהרגה, הרי בתור גויה היא אינה מצווה על דיני התורה ואינה חייבת מיתה על חטא זה. התשובה לכך היא שדינה נדון כדין בהמה שנעשתה בה עבירה, אשר מומתת לפי ההלכה [אור החיים]. בני ישראל לא פגעו בה קודם לכן משום שייתכן שלא זיהו אותה כמדינית בשל לבושה הדומה לזה של בנות מואב, או משום שטרם קראו לשלום למדיין, צעד שנדרש לפני פגיעה בהם [אור החיים].
חלק ניכר מן המקורות מתמקד בנסים הרבים שליוו את הפעולה. אף על פי שהכתוב אינו מזכיר אותם במפורש, הפרשנים מדגישים כי נסים אלו היו הכרחיים כדי להוכיח שהריגתם נעשתה בדיוק בשעת מעשה, שכן רק אז מותר לקנאים לפגוע בחוטא. אילו היה פינחס פוגע בהם לאחר מכן, הוא היה נחשב לרוצח החייב מיתה [מלבי"ם, גור אריה]. הנסים נועדו להראות שהמעשה נעשה בהכוונת ה' ולא במקרה [גור אריה]. בין הנסים מתואר כי זמרי לא פירש מן האישה ולא קרא לבני שבטו לעזרה. במקביל, זרועו של פינחס התחזקה, הרומח שלו התארך ולא נשבר, והחוטאים נותרו תלויים עליו מבלי להישמט. מלאך הגביה את משקוף האוהל כדי שפינחס יוכל להוציאם זקופים לעיני כל. מלאך נוסף הכה בעם כדי להעסיק את בני שבט שמעון, וכך נמנע מהם לפגוע בפינחס. כמו כן, נעשה נס שדמם לא נטף על פינחס והם לא מתו מיד כשהיו בידיו, כדי שלא יטמא [רש"י, רא"ש, שפתי חכמים, מזרחי, גור אריה]. יש המציינים כי גם אם היה נטמא, לא היה בכך פסול, שכן פינחס טרם התמנה לכוהן באותה עת [חזקוני].
פעולתו של פינחס הביאה לתוצאה המיידית: וַתֵּֽעָצַר֙ הַמַּגֵּפָ֔ה. הדקירה עצרה את העונש האלוהי שכבר נגזר על העם [ספורנו, רש"ר הירש, ביאור שטיינזלץ]. מסירות נפשו של פינחס למען כבוד ה', יחד עם תפילתו וזעקתו כלפי שמים על גורלם של ישראל, השיבו את חרון האף והצילו את העדה מכיליון [רא"ש, מלבי"ם, ברכת אשר על התורה].