מתוך עומק השבי והסכנה הקיומית, עולה תחינה נואשת להתערבות אלוהית למען אומה נרדפת. התפילה מבקשת כי זעקות הכאב של הכלואים יבקעו את שערי השמיים ויעוררו רחמים והצלה.
המילה אֶנְקַת מבטאת צעקה, גניחה או בכי של כאב [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. צעקה זו בוקעת מגרונו של האָסִיר, הנתון בשבי ביד האויבים או מושלך בבור [רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. במישור הלאומי, האסיר מסמל את עם ישראל כולו, השרוי בגלות וכלוא כבבית סוהר [אבן עזרא, מאירי]. זווית ייחודית מציעה כי האסיר אינו אלא מלך המשיח, השוהה כשהוא כבול וסובל בפתחה של רומי, ונאנח על מרירות הגלות ואורכה [אלשיך].
התפילה קוראת לה' לפעול כְּגֹדֶל זְרוֹעֲךָ, כלומר להשתמש בכוחו העצום וביכולתו הבלתי מוגבלת [מאירי, ביאור שטיינזלץ], למען בְּנֵי תְמוּתָה. צירוף זה מתאר את אלו המיועדים וקרובים למות מתוך רוב הצרות שניחתו עליהם [אבן עזרא, מאירי, ביאור שטיינזלץ]. פירוש נוסף גורס כי הכוונה היא לבניהם של הרוגי המלכות, שמסרו את נפשם ונהרגו על קידוש השם [רש"י].
בקרב הפרשנים קיימות שתי גישות מרכזיות להבנת המילה הוֹתֵר. הגישה הראשונה מפרשת את המילה מלשון הישרדות והשארה בחיים. לפי הבנה זו, הבקשה היא שה' ישאיר בחיים את הנידונים למוות ויציל אותם מגורלם [רד"ק, אבן עזרא, מאירי, מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ]. לעומת זאת, הגישה השנייה קושרת את המילה לשורש ה.ת.ר, כלומר פתיחת קשרים. מכיוון שהפסוק עוסק באסיר, הבקשה היא שה' יתיר את כבליהם של האסירים, יפתח את סוגר כלאם ויוציא לחופשי את אלו שנלקחו להריגה [רש"י, מצודת ציון, מצודת דוד, אבן עזרא].
הפרשנים מוסיפים נדבך רעיוני ומסבירים כי גם אם העם חטא וראוי לעונש חמור, עצם הייסורים, המאסר והעינויים שהם עוברים, יחד עם תפילתם וגניחתם, צריכים להיחשב ככפרה מספקת. בזכות מסירות הנפש והסבל, ראוי שה' יקבל את תפילתם ויושיע אותם ממוות לחיים [אלשיך, מלבי"ם].