דיאלוג האהבה מגיע לנקודת שיא כאשר הרעיה משיבה לדברי השבח של דודה, ומשתמשת בדימוי של עץ פרי ייחודי הניצב בלב יער סבוך כדי לבטא את מסירותה הבלעדית. על פי הפשט, כְּתַפּוּחַ מתייחס לאילן של תפוחים, ויש המזהים אותו עם האתרוג [תורה תמימה], אשר ניכר בטעמו ובריחו הנפלא. עץ זה בולט בייחודו בַּעֲצֵי הַיַּעַר, שהם אילני סרק שאינם נותנים פרי. כֵּן דּוֹדִי בֵּין הַבָּנִים, כך בולט האהוב ונבחר מכל שאר הבחורים [רש"י, ביאור שטיינזלץ].
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהפסוק משמש אלגוריה עמוקה לקשר שבין כנסת ישראל לה'. כשם שהתפוח נבחר על פני עצי הסרק, כך ה' נבחר על פני כל האלוהויות והכוחות האחרים. מתוך כך, מתפתחת גישה רעיונית מעניינת סביב היחס שבין צל העץ לפריו, המייצגת את מצבם של ישראל בעולם. מצד אחד, עצי היער מספקים צל עבה ומיידי, בעוד שצלו של עץ התפוח מועט. אומות העולם נמשלות למי שיושב תחת עצי היער – הן נהנות מהנאות העולם הזה, מהצלחה מידית ומהגנת שרי מעלה. לעומתן, ישראל בגלות יושבים תחת ה' שצלו נדמה כמועט, והם חשופים ל"שמש" הקופחת של הייסורים והצרות. למרות זאת, כנסת ישראל מכריזה בְּצִלּוֹ חִמַּדְתִּי וְיָשַׁבְתִּי, שכן היא מעדיפה את צלו המועט של ה' ואת ההימנעות מחטא, משום שהיא מצפה לפרי העתידי – השכר הנצחי בעולם הבא והגאולה, בעוד שלאומות העולם אין כל פרי עתידי [מצודת דוד, צרור המור, אלשיך]. יש המפרשים את הישיבה בצל כבקשתה של כנסת ישראל לדעת מתי יגיע הקץ שבו תשב בבטחה בצל ה' בארץ ישראל [אבן עזרא].
קו פרשני בולט נוסף קושר את הפסוק למעמד הר סיני. כשם שאנשים בורחים מעץ התפוח בשעת שרב כי אין לו צל, כך ברחו אומות העולם מקבלת התורה, אך ישראל חמדו לשבת בצל ה' [רש"י, תורה תמימה]. הצל מתפרש כהר סיני שכפה עליהם ה' כגיגית, כצלו המגן של המשכן, או כעצם קיומם שתלוי בכוחו של ה' [תורה תמימה, ספורנו, עזרא בן שלמה]. מחזור החיים של העץ מקביל במדויק ליציאת מצרים: העץ מוציא את פריו בחודש סיוון, חמישים יום לאחר הלבלוב, ממש כשם שישראל קיבלו את התורה בסיוון, חמישים יום לאחר צאתם ממצרים [תורה תמימה, צאינה וראינה]. יתרה מכך, טבעו הייחודי של העץ להוציא את פריו עוד בטרם יצמחו עליו, מסמל את הקדמת "נעשה" ל"נשמע" על ידי ישראל [תורה תמימה, ראשון לציון]. בנוסף, כשם שהתפוח נקנה במחיר מועט אך מפיץ ריח נהדר, כך ישראל נגאלו בזכות מצוות קלות ופשוטות, כמו לקיחת אגודת אזוב במצרים, שהיו רצויות ואהובות לפני ה' [תורה תמימה].
ההכרזה וּפִרְיוֹ מָתוֹק לְחִכִּי – כאשר לְחִכִּי מתייחס לאזור שמעל הלשון [מצודת ציון] – מסמלת את מתיקות דברי התורה והמצוות. בעוד שעבור אומות העולם, השקועות בעבירות, אזהרות התורה מרות כלענה, לישראל הן מתוקות [תורה תמימה]. יש המוצאים במתיקות הפרי רמז לטעם המן [צאינה וראינה], או לנשמות עצמן שהן פריו של הקב"ה [עזרא בן שלמה].
רובד נוסף, פילוסופי-השגחתי, רואה בעץ התפוח סמל לשכל העליון ולהשגחה האלוהית. עצי היער הגבוהים והסבוכים מסמלים את חוקי הטבע, המזלות והכוכבים, שלעיתים מסתירים ומאפילים על ההשגחה. אך הנפש הבוחרת בטוב ומושלת על יצריה, מתעלה מעל חוקי הטבע, חוסה בצל ההשגחה והנבואה, וזוכה לפרי הנצחי של השכל ושל תורת ה', המשמש כתרופה וכמזון רוחני גם כאשר הנהגת ה' נסתרת בתוך הטבע [רלב"ג, מלבי"ם].