מערכת היחסים בין אוהבים, וכך גם הקשר בין האדם לה', רצופה בתקופות של קרבה עזה שלאחריהן נדרש לעיתים מרחק. בשלב זה של הקשר, מורגשת פרידה זמנית המלווה בציפייה לחזרה מהירה.
ברמה המילולית, הפרשנים נחלקים לגבי תיאור הזמן המופיע במילים עַד שֶׁיָּפוּחַ הַיּוֹם וְנָסוּ הַצְּלָלִים. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בשעת הערב, שבה השמש שוקעת, חום היום מתפוגג בנשיבת הרוח, והצללים מתארכים ונעלמים [מצודת דוד]. מנגד, יש הסבורים כי מדובר דווקא בשעת צהריים חמה שבה השמש זורחת במלוא עוצמתה ומעלימה את הצללים [ביאור שטיינזלץ, ספורנו]. המילה שֶּׁיָּפוּחַ מתפרשת כנשיבת רוח [אבן עזרא, מצודת ציון] או ככינוי לשמש עצמה [מצודת ציון, שפתי חכמים].
האהובה פונה אל דודה במילים סֹב דְּמֵה־לְךָ דוֹדִי לִצְבִי אוֹ לְעֹפֶר הָאַיָּלִים, כאשר עֹפֶר הוא ילד האייל [תורה תמימה, מצודת ציון]. היא מבקשת ממנו להסתובב לאחור ולרוץ במהירות אל הָרֵי בָתֶר, שהם הרים המבותרים ומופרדים זה מזה על ידי גאיות [ביאור שטיינזלץ, אבן עזרא, מצודת ציון]. מבחינה רגשית, בקשה זו מבטאת צורך במרחב. האהבה זקוקה לרגעי מנוחה כדי שלא תתפרץ יתר על המידה, ולכן בת הזוג משלחת את אהובה לעיסוקיו, מתוך ביטחון מלא שכמו צבי החוזר תמיד למקומו, כך גם הוא ישוב אליה [ביאור שטיינזלץ, מלבי"ם].
ברובד הלאומי וההיסטורי, הפרידה מסמלת את המשברים בין ה' לעם ישראל. חום היום מייצג את החטאים הצורבים, כדוגמת חטא העגל וחטא המרגלים, אשר גרמו לזכויות המגינות של העם להסתלק כמו צללים, והובילו להתרחקות השכינה [רש"י, שפתי חכמים, אבן עזרא]. לחלופין, הצללים מסמלים את זכות האבות, והבקשה היא שה' ישוב וירחם בטרם זכויות אלו יחלפו [צרור המור]. ציון המקום הָרֵי בָתֶר רומז להבטחות שניתנו לאברהם אבינו בברית בין הבתרים בהר המוריה [תורה תמימה, צרור המור]. אזכור נוסף לאברהם קושר את חום היום לחום העז שהביא ה' לעולם ביום שבו אברהם מל את עצמו ואת אנשי ביתו [צאינה וראינה].
חלק מהפרשנים רואים כאן תיאור של הגלות והגאולה. ה' עתיד להדוף את ליל הגלות בנשיבת רוח קלה ולהפיל את שרי האומות המיוצגים כצללים [תורה תמימה, עזרא בן שלמה]. עם זאת, ההתמהמהות בגאולה נובעת מכך שה' ממתין להעניק לאומות העולם שכר על מעשיהן הטובים בטרם ימתח עליהן את מידת הדין, כפי שקרה לעם ישראל בחורבן העיר ביתר [תורה תמימה].
ברובד הפילוסופי והנפשי, מתואר תהליך רכישת החכמה. היום המפציע מסמל את סילוק חושך הבערות והופעת אור השכל, כאשר הָרֵי בָתֶר מסמלים את החכמות הלימודיות הדורשות יכולת הפשטה וחלוקה של מושגים [רלב"ג]. מבחינה נבואית, האדם החומרי אינו מסוגל להכיל התגלות רוחנית רצופה. הצללים הם חזיונות הדמיון שחייבים לחלוף כאשר הגוף דורש את צרכיו, ואז ההשגה האלוהית מסתלקת זמנית, עד שהנפש תהיה מוכנה לקראתה שוב [מלבי"ם]. לבסוף, הפסוק משמש כהדרכה מוסרית לאדם בעולם הזה שעליו לרוץ בזריזות כצבי לקראת העולם הבא, ולהפנות את ראשו רק לעיתים רחוקות אל ענייני העולם החולף [נחל אשכול].