הרעיה מציגה את עצמה דרך דימויים של פרחים יפהפיים ועמידים, בהצהרה של יופי וחיוניות המשמשת אלגוריה עמוקה לקשר שבין כנסת ישראל, הנפש והבורא.
הפרשנים נחלקו בזיהוי הבוטני של הצמחים, אך מסכימים על תכונותיהם. החבצלת מתוארת כוורד מריח [מצודת ציון, אבן עזרא] או כצמח בעל בצל השולח את פרחיו אל השמש [מלבי"ם]. משמעות המילה נובעת מהיותה "חבויה בצלה", כלומר פרח הנמצא עדיין בשלב מוקדם, עטוף וסגור, שטרם התפתח במלואו והוציא את עליו החוצה [תורה תמימה, מדרש רבה]. השרון הוא אזור שמן, דשן ופורה [מצודת ציון]. השושנת מזוהה כפרח ריחני בעל ששה עלים [מצודת ציון, אבן עזרא], ויש ששיערו כי מדובר בשושן הצחור [ביאור שטיינזלץ]. מיקומה של השושנה בעמקים מעניק לה לחות תמידית וצל המגן עליה מפני חום השמש, ולכן היא שומרת על רעננותה, הולכת ומרטבת, ואינה נובלת בקלות כמו שושנת ההרים [רש"י, רלב"ג, מדרש רבה].
ברובד הפשט, הרעיה משבחת את יופיה ואת יציבותה בפני דודה, ומשווה את עצמה לפרחים הגדלים בתנאים אידיאליים [מצודת דוד]. קיימת הבחנה בין הפרחים: החבצלת נפתחת אל אור השמש בשרון ונוטה אחריו, ואילו השושנה פולטת את ריחה הטוב דווקא בצל העמקים. כך הרעיה חפצה לפרוח באורו של דודה, אך גם כשהיא כלואה בצל העמקים ורחוקה ממנו, מידותיה הטובות וריחה הטוב מופצים לשכנותיה [מלבי"ם].
ברובד הלאומי, כנסת ישראל מצהירה על חביבותה לפני ה', שכן היא עומדת תמיד בלחותה, מחזיקה במצוות ושומרת על אמונה חזקה ורכה מבלי להשתנות [מצודת דוד, חומת אנך]. המעבר מחבצלת סגורה לשושנה פתוחה מסמל תהליכים היסטוריים. ישראל הייתה "חבויה בצל" במצבים שונים – בצל השעבוד במצרים, בצל קריעת ים סוף, בצל הר סיני, ובצל הגלויות. בכל אחד מהמצבים הללו, ברגע שה' גאל אותה, היא הרטיבה מיד במעשים טובים ופרצה בשירה [מדרש רבה, תורה תמימה]. בהקשר זה, המילה השרון נדרשת כלשון של שירה לה' או מלשון הבטה אל הבורא [עזרא בן שלמה, מדרש רבה].
גם כאשר ישראל נתונה בעומקן של צרות וייסורים, המשולים לעמקים או אפילו לעמקי גיהנם, דווקא הלחץ והייסורים מביאים אותה לחזור למוטב, לפרוח במצוות ולומר שירה חדשה [מדרש רבה, תורה תמימה]. התפתחות זו מתבטאת גם בגווני הפרחים: החבצלת נוטה לירוק ומסמלת דין קל, ואילו השושנה אדומה ומסמלת דין קשה. אך גם בזמן שמידת הדין גוברת, ישראל נמשלת לשושנת העמקים הנטועה במקום של מים ורווח, בזכות שפע הנביאים המחזירים אותה למוטב ומונעים ממנה להישבר [צרור המור].
ברובד הפילוסופי והפנימי, הפסוק מתאר את מסע הנפש. כאשר הנפש נחשפת לאור האלוהי, היא נפתחת כחבצלת לקלוט את השפע. וכשהיא יורדת אל "עמק" הגוף החומרי, היא מפיצה את הריח הרוחני שקלטה ומשפיעה על כוחות החומר להתבשם מדרכי ה' [מלבי"ם]. בנוסף, כשם שהפרח קודם להופעת הפרי, כך השלמות של כוחות הדמיון בנפש קודמת להשגת השכל הטהור, והיא זוכה לשלמותה בקלות כמו הפרחים המקבלים את מזונם בעמקים [רלב"ג].
לצד הפירושים המזהים את הדוברת ככנסת ישראל או כנפש, קיימת גישה מדרשית המייחסת את הפסוק לארץ או למדבר. הארץ מצהירה שכל מתי העולם חבויים בה כפיקדון, ובימות המשיח היא תחזיר אותם, תפרח מחדש ותאמר שירה. בדומה לכך, המדבר שומר בתוכו את אוצרות ה' ועתיד להחזירם בשלמות ללא חיסרון [מדרש רבה, צאינה וראינה].