לאחר נשיאת העוון של עשרת השבטים, הנביא מצטווה לעבור לשלב השני של המיצג הנבואי. שלב זה ממקד את הכובד על חטאיה הספציפיים של ממלכת יהודה, תוך קביעת תקופת כפרה מוגדרת שבה ייסורי הנביא משמשים משקל נגד לשנות החטא של העם.
המילה וְכִלִּיתָ משמעותה סיום והשלמה של התקופה הקודמת שבה שכב הנביא על צדו השמאלי [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. כעת הוא מצטווה וְשָׁכַבְתָּ עַל־צִדְּךָ הַיְמָנִי שֵׁנִית – כלומר, לבצע פעולה שנייה ועוקבת [מצודת דוד]. המילה נכתבת במקור עם תוספת אות י' (הימיני) אך נקראת הַיְמָנִי [מנחת שי, רד"ק].
הפרשנים מציעים שני כיוונים להסבר הבחירה דווקא בצד ימין עבור ממלכת יהודה. הגישה הגיאוגרפית מסבירה כי נחלת יהודה שוכנת בדרומה של ארץ ישראל, כיוון המכונה בלשון המקרא "ימין", בניגוד לשומרון הממוקמת משמאל [רש"י, מצודת דוד]. מנגד, יש המפרשים זאת באופן רעיוני: צד ימין מסמל את השגחת ה', שכן בתקופה זו ה' גילה את ימינו ושלח אליהם נביאים יום אחר יום כדי להזהירם [מלבי"ם].
באמצעות שכיבה זו וְנָשָׂאתָ אֶת־עֲוֹן בֵּית־יְהוּדָה. צער השכיבה של הנביא נועד לכפר על העם כדי שלא יושמדו לחלוטין בעוונם [מצודת דוד]. ה' הקל עליהם בחסדו וקבע משוואה של יוֹם לַשָּׁנָה, כך שכל יום של ייסורים שסובל הנביא נחשב ככפרה על שנה שלמה של חטא [מלבי"ם, מצודת דוד].
באשר למשמעות התקופה של אַרְבָּעִים יוֹם המייצגת ארבעים שנות חטא, קיימת מחלוקת בין הפרשנים מתי התרחשו שנים אלו:
גישה אחת מחשבת את השנים כמקבץ של תקופות שלטון של מלכים רשעים, החל מגלות עשרת השבטים ועד לחורבן ירושלים. חישוב זה כולל עשרים ושתיים שנות חטא של המלך מנשה, שנתיים של אמון, אחת עשרה שנים של יהויקים, וחמש השנים הראשונות של צדקיהו שבהן נאמרה נבואה זו [רש"י, מצודת דוד]. תקופת חטאים זו מצטרפת למניין שנים ארוך יותר שבגינו נענש העם בשבעים שנות גלות, כנגד שנות השמיטה והיובל שלא שמרו [רש"י].
מנגד, יש שדוחים חישוב מצטבר זה וסבורים כי כל ארבעים השנים מיוחסות אך ורק למלך מנשה. לפי גישה זו, מנשה חטא במשך ארבעים שנה ברציפות, ובגין כובד עוונו נגזרה הגזרה הסופית על חורבן הארץ, ללא קשר למלכים שבאו אחריו [רד"ק].
גישה שלישית ממקדת את ארבעים השנים בתקופת נבואתו של ירמיהו, החל מהשנה השלוש עשרה למלך יאשיהו ועד החורבן. על פי פירוש זה, החטא הייחודי של בני יהודה בשנים אלו, שהבדיל אותם מחטאי העבר של כלל ישראל, היה אטימותם לאזהרותיו היומיומיות של הנביא, ולכן נדרשה כפרה נפרדת ומיוחדת עבורם [מלבי"ם].