בניית קודש הקודשים במקדש שלמה מציגה נוכחות פיזית מרשימה ומעוררת הוד. במרכז החלל המקודש הוצבו כרובי ענק, שונים מאלו שנעשו במדבר, אשר נועדו למלא את החדר ולסוכך על ארון הברית. כרובים אלו לא החליפו את הכרובים המקוריים שעשה משה, אלא נוספו עליהם, בדומה לשולחנות ולמנורות הנוספים שהציב שלמה במקדש [רש"י].
הפרשנים מסכימים כי הכרובים החדשים היו עֹמְדִים עַל רַגְלֵיהֶם ישירות על קרקעית הבית במערבו [רש"י], וזאת בניגוד לכרובים המקוריים של בצלאל שהיו מחוברים לקצות הכפורת שעל הארון [רש"י, רד"ק]. מבחינת המבנה הפיזי שלהם, הכתוב מציין במפורש שיש להם כנפיים ורגליים, אך גופם אינו מתואר כלל. נראה כי הגוף היה מוסתר תחת הכנפיים או כלול בהן באופן כלשהו, כך שלא היה צורך בנס כדי שיעמדו יציבים [רד"ק, ביאור שטיינזלץ].
כנפי הכרובים היו פֹּרְשִׂים אַמּוֹת עֶשְׂרִים, כלומר פרושות לכל רוחבו של קודש הקודשים [מצודת דוד, רד"ק]. ארון הברית עמד בדיוק תחת מקום פרישת הכנפיים, אשר נטו מן הקיר ויצרו סככה על הארון ועל הכפורת [רש"י].
סוגיה מרכזית שנידונה בקרב הפרשנים היא כיוון הפנים של הכרובים, שכן נאמר וּפְנֵיהֶם לַבָּיִת. תיאור זה עומד לכאורה בסתירה לכרובים שבמשכן שעליהם נאמר "ופניהם איש אל אחיו". מתוך כך עולות שתי גישות מרכזיות:
הגישה הראשונה מבינה את הכתוב כפשוטו, ולפיה הכרובים של שלמה אכן לא פנו זה מול זה, אלא הביטו הישר אל חלל הבית [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. שינוי זה מוסבר כחלק מההבדלים המכוונים בעיצובם של כרובים אלו לעומת הראשונים, כשם שהם נבדלו בחומרי הגלם שלהם ובעמידתם על הקרקע [רד"ק].
לעומת זאת, הגישה השנייה מבקשת ליישב בין הפסוקים ולקשור בין התיאורים. לפי הסבר אחד, הכרובים אכן פנו זה אל זה, אך ראשיהם לא היו זקופים אלא כפופים ומוטים פנימה אל עבר הבית [רש"י]. מסורת פרשנית נוספת מציעה כי הם עמדו כשפניהם מופנות בזווית צדדית, בדומה לתלמיד הנפטר לשלום מרבו ומצדד את פניו מתוך כבוד [רד"ק].