ברגע של שפל עמוק, פונה המלך מנשה אל הבורא בתפילה. היענותו של ה' לתחינה מובילה למהפך כפול בחיי המלך: השבתו הפיזית לכסאו בירושלים, והתעוררות רוחנית עמוקה שבה הוא מכיר באמיתות האמונה.
הפרשנים מתמקדים במשמעות המילה וַיֵּעָתֶר. הגישה הפשוטה והמרכזית היא שמשמעות המילה היא קבלת התפילה והיענות לה מצידו של ה' [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ].
לצד זאת, קיימת שכבת עומק פרשנית הנשענת על מסורות חז"ל, המציגה זווית ציורית להבנת קבלת התפילה. על פי גישה זו, קיים קשר לשוני ורעיוני בין המילה וַיֵּעָתֶר לבין הפועל "ויחתר" (מלשון חתירה ויצירת מנהרה). קשר זה מתבסס על חילופי האותיות הגרוניות חי"ת ועי"ן, תופעה לשונית שחכמים זיהו גם בשפה הערבית, שבה המילה לחתירה נהגית לעיתים כעתירה [מנחת שי].
מתוך קשר לשוני זה, נלמד כי ה' כביכול "חתר מחתרת" ברקיע כדי לקבל את תשובתו של מנשה. הסיבה לאותה חתירה סמויה הייתה הצורך להטמין את קבלת התשובה מפני מידת הדין הקפדנית, שהתנגדה לסלוח למלך על חטאיו הרבים [מנחת שי]. בסופו של התהליך המופלא הזה, לאחר שה' שומע את תחינתו ומשיב אותו למלכותו, מנשה עובר שינוי פנימי עמוק, מכיר בכך שה' הוא האלוהים, ושב אליו באמת [ביאור שטיינזלץ].