סוף תקופת שלטונו של מנשה מסתיימת בקבורה חריגה בנוף המלוכה. הכתוב מציין לגבי מקום קבורתו: וַיִּקְבְּרֻהוּ בֵּיתוֹ, והפרשנים מסכימים כי משמעות המילה היא שנקבר בתוך ביתו. למרות שבספר מלכים מתואר כי מנשה נקבר "בגן ביתו", אין בכך סתירה; המונח "בית" משמש כשם כולל למתחם כולו, המאגד בתוכו גם את מבני המגורים וגם את הגינה. מכאן שלמעשה הוא נטמן בגן הפרטי שהיה ממוקם בתוך שטח ביתו [רד"ק, רש"י, מלבי"ם].
קבורה פרטית זו נושאת משמעות לגבי מורשתו של מנשה. בשונה ממלכים אחרים, הוא לא זכה להיקבר בכבוד יחד עם אבותיו בקברי המלכים [רש"י]. הסיבה לכך נעוצה בעובדה שבאחרית ימיו חל פיחות משמעותי במעמדו, מה שהוביל לכך שלא הובא למנוחות בחלקת הקבר הממלכתית המסורתית [ביאור שטיינזלץ].