במהלך עבודות השיפוץ והחיזוק של מבנה בית המקדש בימי המלך יאשיהו, מתרחש גילוי רוחני דרמטי שטלטל את הממלכה. חלקיהו הכהן הגדול, אשר היה הממונה הראשי על מלאכת איסוף הכספים [רלב"ג], מדווח לשפן הסופר על מציאת מגילה מיוחדת במינה.
הפרשנים מסבירים כי המילים עַל שָׁפָן משמעותן "אל שפן" [רד"ק, מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. חלקיהו מכריז כי מצא את סֵפֶר הַתּוֹרָה בה"א הידיעה, והגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שלא מדובר בסתם עותק, אלא בספר התורה המקורי שכתב משה רבנו בעצמו, אשר שימש כעותק הרשמי והמדויק ביותר והיה מונח באופן קבוע לצד ארון הברית.
הפרשנים נחלקו בשאלה מדוע הספר היה גנוז ונעלם עד לאותו הרגע, וכיצד ייתכן שמלכי יהודה הצדיקים היו ללא ספר תורה. גישה אחת גורסת כי הספר הוטמן תחת נדבך של אבנים עוד בימי המלך אחז, שנהג לשרוף ספרי תורה, והכהנים שפחדו על גורלו של הספר המקורי החביאו אותו [רש"י, מצודת דוד]. מנגד, יש החולקים על כך וטוענים כי המלך חזקיהו, שבא לאחר אחז, ודאי היה מוציא את הספר ממחבואו. לכן, הם מסבירים כי הספר אבד ונשכח בימי בנו, המלך מנשה, אשר מלך חמישים וחמש שנה והשכיח את התורה מישראל בעקבות עבודת האלילים שהנהיג [רד"ק]. גישה נוספת וממוקדת יותר מבהירה כי התורה מעולם לא נשכחה לחלוטין מישראל, שהרי נביאים כדוגמת ירמיהו פעלו באותה עת. הסיבה להסתרת הספר הספציפי הזה הייתה שמנשה ואמון נהגו למחוק את שם ה' מספרי הקודש ולכתוב במקומו שמות של אלילים. כדי להגן על קדושתו של ספר התורה שנכתב בידי משה, גנזו אותו הכהנים בין שורות הבנין של המקדש, ורק כעת, בעת עבודות השיפוץ, הוא התגלה מחדש [אברבנאל].
כאשר מתאר הפסוק וַיִּקְרָאֵהוּ, מוסבר כי שפן קרא את הספר בהשתוממות ובתדהמה [מצודת דוד]. החרדה הגדולה שאחזה בהם לא נבעה רק מעצם מציאת הספר המקורי, אלא מהאופן הפלאי שבו הוא נמצא. הספר היה גלול ופתוח בדיוק בפרשת הקללות והתוכחה, בתחילת העמוד שבו נכתב הפסוק "יולך ה' אותך ואת מלכך" (דברים כ"ח). הם ראו בכך אות משמים וסימן מבשר רעות על גלות מתקרבת של המלך והעם [מלבי"ם, מצודת דוד, אלשיך, אברבנאל].
מכיוון שהספר הכיל בשורה קשה כל כך, חלקיהו הכהן נמנע מלהביא אותו בעצמו אל המלך יאשיהו, והעדיף להעביר אותו לידי שפן הסופר כדי שהוא יבשר למלך את הבשורה הקשה אגב דיווחיו על עסקי הבדק [אלשיך]. מציאת הספר והעברתו לשפן טמנו בחובם גם מסר מוסרי נוקב למלך יאשיהו: המלך השקיע את מרצו בחיזוק הבדק החיצוני של מבנה המקדש, אך מציאת התורה הגנוזה רמזה לו שעליו לתקן קודם כל את הבדק הפנימי, להשיב את העם בתשובה, לחזק את הדת ולתקן את המעשים, שכן זהו ההיכל האמיתי שבו שוכן ה' [מלבי"ם].