במהלך כיבוש הארץ, המדיניות הכללית של בני ישראל הייתה לשמר את התשתיות של הערים שנכבשו, למעט חריג אחד בולט. הָעֹמְדוֹת עַל תִּלָּם הן ערים שנותרו בנויות בגובהן המקורי וחומותיהן לא נהרסו או נפלו במהלך המלחמה והכיבוש [מצודת דוד, מצודת ציון, שטיינזלץ]. ערים אלו נותרו בחזקתן [רד"ק], בניגוד לערים אחרות כמו יריחו שחומתה נפלה באורח נס, או העי שהפכה במכוון לתל חורבות [רש"י].
למרות שהערים נותרו שלמות, זוּלָתִי אֶת חָצוֹר לְבַדָּהּ שָׂרַף יְהוֹשֻׁעַ. הפרשנים מציגים מספר סיבות מדוע נבחרה חצור להיות העיר היחידה שעלתה באש, ומשלבים בין מניעים אסטרטגיים למסורת רוחנית. מן ההיבט האסטרטגי וההיסטורי, חצור הייתה עיר מבוצרת ומרכזית שהובילה ופתחה במלחמה נגד ישראל, ושריפתה נועדה להטיל פחד על שאר העמים הנותרים [רד"ק, שטיינזלץ]. יתרה מכך, כעיר בירה, ייתכן שהיו בה מקומות מסתור שבהם התחבאו אויבים רבים, ולכן היה צורך לשרוף את העיר על כל יושביה [חומת אנך]. סיבה נוספת קשורה למעמדה של העיר, שכן בשל היותה ראש הממלכה, הוסתרו בה חפצים רבים ששימשו לעבודה זרה, ואותם היה חובה לכלות באש [חומת אנך].
לצד ההסברים המעשיים, קיימת גישה מרכזית שלפיה שריפת חצור לא הייתה החלטה צבאית עצמאית של יהושע, אלא קיום של ציווי מפורש שעבר במסורת. ה' אמר למשה, ומשה העביר את ההוראה הייחודית ליהושע לשרוף דווקא את חצור [רש"י, רד"ק, חומת אנך]. מסורת מדרשית נוספת מצביעה על כך שחצור שימשה כמקום כינוס לאומות העולם שביקשו לרדוף ולהילחם בישראל, וה' מנע זאת מהם, ועל כן נגזר עליה להישרף [רד"ק].